Перевод: английский - русский - www.onlinedoctranslator.com Статья Не рецензируемая версия Сборка генома и аннотация коричнево-пятнистой гадюки Протоботропс мукроскваматус Сяотун Ню †, Хаоронг Лу†, Минхуэй Ши , Шицин Ван , Яцзе Чжоу*,Хуан Лю * Дата публикации: 17 октября 2023 г. doi: 10.20944/preprints202310.1073.v1 Ключевые слова: генетика и геномика; Эволюционная биология; Зоология Preprints.org — это бесплатная междисциплинарная платформа, предоставляющая услугу препринтов, предназначенная для того, чтобы ранние версии результатов исследований были постоянно доступны и пригодны для цитирования. Препринты, размещенные на Preprints.org, появляются в Web of Science, Crossref, Google Scholar, Scilit, Europe PMC. Авторское право: это статья с открытым доступом, распространяемая по лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии надлежащего цитирования оригинальной работы. Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 Отказ от ответственности/Примечание издателя: Заявления, мнения и данные, содержащиеся во всех публикациях, принадлежат исключительно отдельному автору(ам) и участникам(ам), а не MDPI и/или редактору(ам). MDPI и/или редактор(ы) не несут ответственности за любой вред людям или имуществу, возникший в результате любых идей, методов, инструкций или продуктов, упомянутых в содержании. Статья Сборка генома и аннотация буропятнистой гадюкиПротоботропс мукроскваматус Сяотун Нюа, б,†, Хаоронг ЛуCD,†, Минхуэй Шиа, е, Шицин Вана, е, Яцзе Чжоуобъявление,* и Хуан Люобъявление,* а Государственная ключевая лаборатория сельскохозяйственной геномики, BGI-Шэньчжэнь, Шэньчжэнь 518083, б Китайская школа экологии, Университет Сунь Ятсена, Шэньчжэнь 510275, Китай с BGI-Шэньчжэнь, Шэньчжэнь 518083, Китай д Китайский национальный банк генов, BGI-Shenzhen, Шэньчжэнь 518120, Китай е Колледж естественных наук Университета Китайской академии наук, Пекин 100049, Китай *† Эти авторы внесли равный вклад в эту работу. ОРЦИД: 0009-0005-3299-3195 (Сяотун Ню) * Переписка: Адреса электронной почты: liuhuan@genomics.cn (Хуань Лю); zhouyajie@genomics.cn (Яцзе Чжоу) Абстрактный:Буро-пятнистая гадюка (Протоботропс мукроскваматус), также известный как китайский хабу, — широко распространенная и очень ядовитая змея, распространенная от северо-востока Индии до восточного Китая. Исследования в области геномики могут помочь лучше понять компоненты яда и естественный отбор у гадюк. Здесь мы собрали, секвенировали и собрали геном мужчины.П. mucrosquamatusчеловек из Китая, создавший высоконепрерывный эталонный геном длиной 1,53 Гб и содержанием повторяющихся элементов 41,18%. Из них было идентифицировано 24 799 генов, и 97,97% генов можно было аннотировать. Филогенетическое дерево однокопийных генов ядерного генома, включающее 6 видов, подтвердило достоверность нашего процесса сборки и аннотации генома. Это исследование будет способствовать дальнейшему изучениюПротоботропыбиология и генетическая основа змеиного яда. Ключевые слова:генетика и геномика; эволюционная биология; зоология 1. Введение Протоботропс мукроскваматуспринадлежит к семейству змей Viperidae (гадюка), широко известная как коричневая пятнистая гадюка или китайское хабу, она широко распространена в северном Вьетнаме, Лаосе, северной Мьянме и северо-восточной Индии, а также на юго-западе и востоке Китая (рис. 1)[1] ].П. mucrosquamatus— ядовитая змея с трубчатыми ядопроводящими клыками и лореальной ямкой, отравление жертвы проявляется функциональными нарушениями системы кровообращения[2]. По сравнению с другими наземными гадюками максимальное количество однократного выброса ядаП. mucrosquamatusвыше, чем Тримересурус стейнегери,Глойдиус БломхоффииБунгарус многоцветный[3]. Его токсичность на единицу дозы также выше, чем уДейнагистродон острыйиТ. стейнегери[3]. Змеиный яд, хотя и может способствовать повреждению здоровья организмов[1,2,4–6], также может играть роль в биомедицине[5,7–9], например, в разработке змеиных противоядий, лечении заболеваний и во многих других областях[ 10]. Высококачественные эталонные геномы и транскриптомы необходимы для обнаружения генов яда, понимания механизма производства токсинов и разработки безопасных и эффективных противоядий и других лекарств [11,12]. Более того, быстрая эволюция белка яда обычно происходит в условиях стресса окружающей среды [13,14]. Например, потребности хищничества, что делает изучение генов, кодирующих белковые яды, прекрасной модельной системой для адаптации и природного отбора[15]. © 2023 автора(ов). Распространяется подCreative Commons CC BY лицензия. Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 2 Рисунок 1.Буро-пятнистая гадюка (Протоботропс мукроскваматус) человек, сфотографирован Дяньчэн Яном в Гуйлине, провинция Гуанси. 2. Основной контент Контекст Хотя змеиные яды представляют опасность для здоровья человека, они также являются потенциальной золотой жилой биоактивных белков, которые можно использовать для разработки новых лекарств.16].Геномика змей имеет огромный потенциал для изучения эволюции яда и токсинологии.Здесь мы собрали очень непрерывный геном самца.П. mucrosquamatusособь, собранная в Гуйлине, Гуанси, Китай, с использованием технологий чтения длинных фрагментов одиночной трубки (stLFR) [17] и полногеномного секвенирования (WGS). Общий размер генома составляет 1,53G и содержит 41,18% повторяющихся элементов, что дает новые данные для дальнейших исследований. Протоботропыгеном и генетическая основа змеиного яда. Методы Подробные пошаговые протоколы собраны в коллекции протоколов.io с некоторыми незначительными изменениями, описанными ниже [18]. Сбор проб и секвенирование МужчинаП. mucrosquamatusОбразец был пойман в Гуйлине, Гуанси, Китай. После сбора и идентификации образец был быстро заморожен в сухом льду Дрикольд при температуре -80°C во время хранения и транспортировки, чтобы сохранить высокое качество ДНК и РНК для дальнейшего использования. Для секвенирования РНК были использованы образцы из 4 органов, включая сердце, желудок, печень и почки. Образец мышц использовался для секвенирования stLFR и WGS. Экстракция ДНК, построение библиотек и секвенирование описаны в протоколах Protocols.io [18]. Институциональный наблюдательный совет BGI (BGI-IRB E22017) одобрил сбор образцов, эксперименты и дизайн исследования в рамках этого исследования. На протяжении всего исследования во время всех процедур обеспечивалось строгое соблюдение рекомендаций, установленных BGI-IRB. Сборка генома, аннотация и оценка Программное обеспечение Supernova (v2.1.1) использовалось для сбора данных секвенирования stLFR. Чтобы устранить любые пробелы и устранить избыточность в этой сборке, данные WGS были подвергнуты заполнению пробелов и удалению избыточности с помощью инструментов GapCloser [19] (v1.12-r6) и redundans (v0.14a) соответственно. Для идентификации известных повторяющихся элементов в последовательностях генома использовалась комбинация инструментов: Repeat Finder (TRF) [20] (v. 4.09), LTR_FINDER [21], RepeatModeler [22] (v1.0.8), RepeatMasker[23] ] (v. 3.3.0) и RepeatProteinMask (v. 3.3.0)[24] были использованы для поиска. Для предсказания генов, кодирующих белок, использовалось несколько подходов. Прогнозирование генов de novo выполнялось с использованием Augustus[25] (v3.0.3). Данные РНК-секвенирования подвергались фильтрации с помощью Trimmomatic[26] (v0.30), а затем сборке транскрипта с использованием Trinity[27] (v2.13.2) на основе «чистых» данных. doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. 3 Данные РНК-секвенирования. Выравнивание транскриптов по геному для получения генных структур осуществляли с помощью Programto Assemble Spliced Alignments (PASA)[28] (v2.0.2). Прогнозирование на основе гомологии включало картирование белковых последовательностей из базы данных UniProt (выпуск 2020_05), Псевдоная текстилис, Тамнофис элегантныйиНотечис скутатусв геном с помощью Blastall (v2.2.26)[29] с пороговым значением E 1e-5. Модели генов были предсказаны путем анализа результатов выравнивания с помощью GeneWise [30] (v2.4.1). Интеграция RNA-seq, гомологии и генов, предсказанных de novo, была достигнута с использованием конвейера MAKER (v3.01.03) [31] для создания окончательного набора генов. Чтобы аннотировать функцию геновП. mucrosquamatusбыл проведен комплексный анализ. Поиск BLAST проводился по нескольким базам данных, включая SwissProt, TrEMBL и Киотскую энциклопедию генов и геномов (KEGG), с пороговым значением E 1e-5. Для прогнозирования мотивов и доменов использовались InterProScan[26] (v5.52-86.0), а также онтология генов (GO). Результаты этого анализа еще больше обогатили наше понимание роли генов и их участия в биологических процессах. Полноту генома оценивали с использованием наборов эталонных универсальных однокопийных ортологов (BUSCO v5.2.2) с режимом генома и данными о происхождении из vertebrata_odb10 [32]. Для реконструкции филогенетического дерева мы использовали OrthoFinder(v2.3.7) (RRID:SCR_017118)[33] для поиска однокопийных ортологов среди белковых последовательностейАнолис Каролинский(GCA_000090745.2), Челония Мидас(GCA_015237465.2),Данио рерио(GCA_000002035.4),Дейнагистродон острый (http://gigadb.org/dataset/100196),Галлус галлус(GCA_016699485.1),Человек разумный (GCA_000001405.29),Мускулистые мышцы(GCA_000001635.9),Офиофаг Ханна(GCA_000516915.1), Бивиттатус Python(GCA_000186305.2),Ксенопус тропический(GCA_000004195.4) иАллигатор миссисипский(GCA_000281125.4). Полученные результаты В этом исследовании геномики змей данные связанных чтений размером 224,27 ГБ были получены после секвенирования stLFR, а данные коротких чтений 96,93 ГБ были получены после секвенирования WGS, что в общей сложности составило 321,20 ГБ (таблица 1). Таблица 1.Сводная статистикаП. mucrosquamatusсеквенированное чтение. ВГС стЛФР Базовый номер Содержание ГК (%) К20 (%) Q30(%) fq1 52036970400 40.30 97,58 92,48 fq2 52036970400 40.23 97,98 92,71 fq1 104698910600 38,89 96,9 90,75 fq2 136108583780 41,72 97,79 91,85 Мы создали высоконепрерывнуюП. mucrosquamatusсборка генома с общим размером генома 1,53 ГБ, содержанием GC 39,86% и длиной каркаса N50 362,40 КБ (таблица 2).П. mucrosquamatusСборка генома, максимальная длина скаффолда которой достигает 5,31 М, включает 149 173 скаффолда длиной более 500 п.н., общей длиной 1,51 Гб, занимая 98,82% общей длины генома. Это станет эффективным ресурсом, открывающим новые перспективы в изучении геномики гадюки. Таблица 2.Краткое изложение особенностейП. mucrosquamatusгеном. Каркас> (500) п.н. Оригинал Статистический уровень строительные леса контиг контиг>(500) строительные леса контиг Общее количество (>) 203555 287462 192124 149173 232200 Общая длина (п.н.) 1530648812 1481196605 1457896424 1512499815 1463075630 Средняя длина (п.н.) 7519,58 5152,67 7588.31 10139.23 6300,93 N50 Длина (bp) 380005 36547 37585 390274 37334 doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. 4 N90 Длина (bp) Максимальная длина (б.п.) Содержание GC (%) 2960 2304 2773 3453 2667 5566463 488153 488153 5566463 488153 39,86 39,86 39,79 39,8 39,8 В совокупности мы выявляем 41,18% повторяющихся элементов вП. mucrosquamatusгенома, среди которых 32,33% LINE составляют наибольшую долю этой сборки, составляя 471,99M, что очень похоже на содержание повторяющихся элементов в ранее секвенированныхТамнофис элегантныйгеном (42,02%) (инвентарный номер PRJNA561996) иКротал тигргеномы (42,31%)[35], что указывает на правдоподобные значения. Другие доминирующие примеры мобильных элементов, LTR, ДНК-транспозоны и SINE, составляли 11,50%, 4,94% и 0,80% соответственно (рис. 2, таблицы 3 и 4). Фигура 2.Распределение мобильных элементов (МЭ) вП. mucrosquamatusгеном. TE включают ДНК-транспозоны (ДНК) и РНК-транспозоны (т.е. ДНК, LINE, LTR и SINE). (а)зановоРаспределение скорости расхождения последовательностей. (б) Известное распределение скорости расхождения последовательностей. Таблица 3.Статистика повторяющихся последовательностей, выявленных вП. mucrosquamatusгеном. Тип Повторить размер % генома Трф 48630912 3,177144 Повторяющая маска 248960159 16.265008 Протеиновая маска 178699911 11,674782 заново 591205406 38,624497 Общий 630311866 41.179391 Таблица 4.Краткое описание мобильных элементов (TE) вП. mucrosquamatusгеном. Тип Repbase TE заново ТЕ протеины Комбинированные ТЕ Длина (Бп) % в геноме Длина (Бп) % в геноме Длина (Бп) % в геноме Длина (Бп) % в геноме ДНК 54802686 3,580357 2721607 0,177807 23812202 1,555693 75566775 4.936911 ЛИНИЯ 173499745 11.335046 145892994 9.531448 446008208 29.138507 494919112 32.333943 СИНУС 11128833 0,727066 0 0 1414004 0,092379 12299674 0,80356 ЛТР 27382417 1,788942 30199813 1,973007 165177572 10,791344 175979322 11.497041 Другой 95860 0,006263 0 0 0 0 95860 0,006263 Общий 248960159 16.265008 178699911 11,674782 588493585 38.447329 618611286 40,414972 doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. 5 После того, как на основе гомологии,Новоеи методами аннотации секвенирования РНК, в наших исследованиях было идентифицировано 24 799 генов, кодирующих белок.П. mucrosquamatusсборка генома. Средняя длина П. mucrosquamatusген имеет длину 1,53 п.н. и содержит по 8,96 экзона на каждый ген. Кроме того, было предсказано 387 микроРНК, 319 тРНК, 289 мяРНК.П. mucrosquamatusгеном. (Таблица 6) Таблица 6.Статистика по микроРНК, тРНК, рРНК и мяРНК, обнаруженным вП. mucrosquamatusгеном. Тип Копировать(ш) Средняя длина (bp) Общая длина (bp) % генома микроРНК 387 115.3540052 44642 0,002917 тРНК 319 76.38244514 24366 0,001592 рРНК 75 111,8266667 8387 0,000548 18С 18 141.5555556 2548 0,000166 28С 52 104.3269231 5425 0,000354 мяРНК 289 115.6955017 33436 0,002184 CD-бокс 110 90,2 9922 0,000648 HACA-бокс 66 144,7575758 9554 0,000624 сращивание 98 112.1734694 10993 0,000718 рРНК мяРНК Путем сравнения с общедоступными наборами данных, включая InterPro[36], Киотскую энциклопедию генов и геномов (KEGG)[37], SwissProt[38], TrEMBL[38] и термины онтологии генов), было идентифицировано 24296 расширенных семейств генов, и 97,97% гены могут быть аннотированы в зависимости от функции (таблица 5). Согласно результатам анализа обогащения KEGG, большую часть из них занимают пути обработки экологической информации, систем организма и метаболизма, среди которых наибольшую долю занимают пути передачи сигналов. Гены, связанные с иммунной системой (2445) и эндокринной системой (2033), составляют наибольшее количество путей в системах организма (рис. 3а). По результатам GO-анализа имеется 7900 генов, связанных со связыванием, и 7740 генов, связанных с клеточными процессами (рис. 3б). Таблица 5.Последствия функциональной аннотации гена. Ценности Swissprot- КЕГГ- ТРЕМБЛ- Интерпро- ИДТИ- аннотированный аннотированный аннотированный аннотированный аннотированный Общий Общий Число 24 799 21 141 21 203 23 741 23 579 15 322 24 296 Процент 100% 85,25% 85,50% 95,73% 95,08% 61,78% 97,97% Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 6 Рисунок 3.Информация аннотации генаП. мукроскаматус. (a) KEGG-обогащениеП. mucrosquamatus. (б) Обогащение ОГП. mucrosquamatus(в) Венн из InterPro, KEGG и Swissport. Проверка данных и контроль качества Для оценки полноты и качества нашей сборки использовался бенчмаркинг универсальных ортологов с одной копией (BUSCO) v5.2.2[39]. Результаты анализа BUSCO показывают, что эта сборка генома имеет до 83,6% с использованием базы данных vertebrata_odb10. (рис. 4) Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 7 Рисунок 4.Результат оценки BUSCOП. mucrosquamatusгеном. С целью проверки качества нашей сборки были использованы еще 7 видов земноводных и рептилий (Anolis carolinensis, Chelonia mydas, Deinagkistrodon acutus, Ophiophagus hannah, Python bivittatus, Xenopus тропический и Alligator Mississippiensis), Gallus Gallus, Homo sapiens, Mus musculus, Последовательности белка Danio rerio, загруженные из NCBI и CNGB, были использованы для построения филогенетического дерева. Взаимосвязь между всеми видами, отраженными в филогенетическом дереве, соответствовала предыдущим исследованиям, демонстрируя, что наши данные могут проверять родственные виды (рис. 5). Всего обнаружено 1177 однокопийных локусов. Рисунок 5. Филогенетическое дерево, реконструированное с использованием однокопийных генов ядерного генома.Числа в ветвях филогенетического дерева представляют длину ветвей, полученную в OrthoFinder. Вклад автора:Хуань Лю разработал и инициировал проект. Образцы были собраны в Аньхойском педагогическом университете. Хаоронг Лу, Яцзе Чжоу и Минхуэй Ши выполнили выделение ДНК и создание библиотеки. Сяотун Ню и Шицин Ван провели анализ данных и написали рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательную рукопись. Заявление об информированном согласии:Непригодный. Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 8 Заявление о доступности данных:Данные, подтверждающие результаты этого исследования, были депонированы в Архив последовательностей CNGB (CNSA) [40] Китайской национальной базы данных генного банка (CNGBdb) [41] под номером доступа CNP0004048. Благодарности:Наш проект был поддержан Китайским национальным банком генов (CNGB) и Лабораторией чтения и записи генома провинции Гуандун (грант № 2017B030301011). Эту работу также поддержал BGI-Shenzhen. Конфликт интересов:Авторы заявляют об отсутствии конфликта финансовых интересов. Потенциал повторного использования:Эти геномные данные предоставят новые ресурсы для дальнейшего изучения биологии и эволюции гадюки, а также генетической основы яда змей. Рекомендации 1. Лю CC, Ву CJ, Сяо Ю.К., Ян Ю.Х., Лю К.Л., Хуан Г.Дж. и др.. Протеом змеиного яда Protobothrops mucrosquamatus на Тайване: замедление летальности, вызванной ядом, на модели грызунов путем ингибирования активности фосфолипазы А2 с помощью вареспладиба. .Журнал протеомики. 2021 год; doi: 10.1016/j.jprot.2020.104084. 2. Валента Дж., Стах З., Отахал М. Укус Protobothrops mangshanensis: первый клинический отчет об отравлении и его лечении. Биомедицинские документы медицинского факультета Университета Палацкого, Оломоуц, Чехословакия. 2012 г.; дои: 10.5507/бп.2012.021. 3. Хэ Ю, Сунь В.К., Ли Дж.Л., Чжан С., Ли Дж., Ю Х.Дж. и др. Юаньмаотоуфу Шеду Дусин Цзи Хуэйфу Гуилв [Токсичность и восстановлениеПротоботропс MucrosquamatusЯды]. Сяньдай Шэнву Исюэ Цзиньчжань. 2016 год; 0:1623–62016; 4. Мао Ю.К., Лю П.Ю., Чианг Л.К., Ли Ч.Х., Лай К.С., Лай К.Л. и др. Клинические проявления и лечение укуса Protobothrops mucrosquamatus и связанных с ним факторов некроза раны и последующей хирургической обработки, а также операции по ампутации пальцев рук или ног.Клиническая токсикология. Тейлор и Фрэнсис; 2021 год; дои: 10.1080/15563650.2020.1762892. 5. Цзэн Ф., Чен С., Чен X, Чжан Л., Лю М. Маленькие разрезы в сочетании с терапией ран отрицательным давлением для лечения отравления укусом протоботропса Mucrosquamatus: новая стратегия лечения. Мед Научный Монит. 2019 год; дои: 10.12659/MSM.913579. 6. Линь CC, Чен Ю.К., Го ЗНЛ, Сик К.К., Сик JC-Y, Ши-Ин Г и др.. Раневые инфекции укусов змей от ядовитых Protobothrops mucrosquamatus и Viridovipera stejnegeri на Тайване: бактериология, чувствительность к антибиотикам и прогнозирование. Потребность в антибиотиках — исследование BITE.Токсины. Многопрофильный институт цифровых публикаций; 2020; doi: 10.3390/toxins12090575. 7. Оффор Б.С., Мюллер Б., Пиатер Л.А. Обзор протеомного профиля ядов африканских змей Viperidae и Elapidae и их нейтрализации противоядиями.Токсины. Многопрофильный институт цифровых публикаций; 2022 год; doi: 10.3390/toxins14110723. 8. Уитакер Р., Уитакер С. Яд, производство противоядия и важные с медицинской точки зрения змеи Индии. Современная наука. Временный издатель; 103:635–432012; 9. Чиппо Ж.П., Гойффон М. Яды, противоядия и иммунотерапия.Токсикон. 1998 год; doi: 10.1016/ S0041-0101(97)00160-8. 10. Фогель Г., Пан Х., Четтри Б., Ян Д., Цзян К., Ван К. и др. Новый вид рода Protobothrops (Squamata: Viperidae) из Южного Тибета, Китая и Сиккима, Индия.Азиатские герпетологические исследования. 2013; doi: 10.3724/SP.J.1245.2013.00109. 11. Синь Х., Тао П., Демин Х., Лян З., Иньсюй Х., Лэй Ю. и др.. Новый вид рода Protobothrops (Squamata: Viperidae: Crotalinae) из гор Даби, Аньхой, Китай: новый вид. рода Протоботропы(Squamata: Viperidae: Crotalinae) из гор Даби, Аньхой, Китай.Азиатские герпетологические исследования. 2012 г.; дои: 10.3724/SP.J.1245.2012.00213. 12. Тан Ч. Змеиный яд: основы, последние обновления и взгляд на следующее десятилетие.Токсины. Многопрофильный институт цифровых публикаций; 2022 год; doi: 10.3390/toxins14040247. 13. Эйрд С.Д., Аггарвал С., Вильяр-Брионес А., Тин ММ-Ю, Терада К., Михеев А.С. Змеиные яды представляют собой интегрированные системы, но многочисленные белки яда развиваются быстрее.БМК Геномика. 2015 г.; дои: 10.1186/ s12864-015-1832-6. 14. Кейсвелл Н.Р., Вюстер В., Вонк Ф.Дж., Харрисон Р.А., Фрай Б.Г. Сложные коктейли: эволюционная новизна ядов. Тенденции экологии и эволюции. 2013; дои: 10.1016/j.tree.2012.10.020. 15. Эйрд С.Д., Арора Дж., Баруа А., Цю Л., Терада К., Михеев А.С. Популяционный геномный анализ питвайпера раскрывает микроэволюционные силы, лежащие в основе химии яда.Геномная биология и эволюция. 2017 год; doi: 10.1093/gbe/evx199. 16. Рао В., Калогеропулос К., Аллентофт М.Э., Гопалакришнан С., Чжао В., Уоркман К.Т. и др.. Рост Препринты (www.preprints.org) | НЕ РЕЦЕНЗИРОВАНО | Размещено: 17 октября 2023 г. doi:10.20944/preprints202310.1073.v1 9 Геномика в исследованиях змеиного яда: последние достижения и перспективы на будущее.ГигаНаука. 2022 год; doi: 10.1093/gigascience/giac024. 17. Ван О, Чин Р, Ченг X, Ву MKY, Мао Q, Тан Дж и др.. Эффективное и уникальное совместное кодирование считываний секвенирования второго поколения из длинных молекул ДНК, обеспечивающее экономичное и точное секвенирование, гаплотипирование и сборку de novo. .Геном Рез. 2019 год; дои: 10.1101/гр.245126.118. 18. Лю Б, Цуй Л, Дэн З, Ма Ю, Ян Д, Гонг Ю и др. Конвейер аннотаций генома змеи. 2023 год; дои: https:// www.protocols.io/view/the-annotation-pipeline-for-the-genome-of-a-snake-cnv3ve8n. 19. Луо Р, Лю Б, Се Й, Ли З, Хуан В, Юань Дж и др. SOAPdenovo2: эмпирически улучшенный ассемблер короткого чтения de novo с эффективным использованием памяти.ГигаНаука. 2012 г.; дои: 10.1186/2047-217X-1-18. 20. Бенсон Г. Tandem повторы искатель: программа для анализа последовательностей ДНК.Исследования нуклеиновых кислот. 1999 год; дои: 10.1093/нар/27.2.573. 21. Сюй З, Ван Х. LTR_FINDER: эффективный инструмент для прогнозирования полноразмерных ретротранспозонов LTR. Исследования нуклеиновых кислот. 2007 г.; doi: 10.1093/nar/gkm286. 22. Смит АФА, Хабли Р., Грин П. RepeatModeler Open-1.0. 2008–2015 гг.Сиэтл, США: Институт системной биологии. Доступно по адресу: http://repeatemasker org, последний доступ в мае.. 1:20182015; 23. Тарайло-Граовац М., Чен Н. Использование RepeatMasker для идентификации повторяющихся элементов в геномных последовательностях Curr Protoc Bioinformatics. 2009. Глава; 24. Темпель С. Использование и понимание RepeatMasker.Мобильные генетические элементы: протоколы и геномные приложения. Спрингер; :29–51 2012 г.; 25. Станке М., Стейнкамп Р., Ваак С., Моргенштерн Б. АВГУСТ: веб-сервер для поиска генов у эукариот. Исследования нуклеиновых кислот. 2004 г.; дои: 10.1093/nar/gkh379. 26. Болджер А.М., Лозе М., Усадел Б. Trimmomatic: гибкий триммер для данных последовательности Illumina.Биоинформатика. 2014 г.; doi: 10.1093/биоинформатика/btu170. 27. Хаас Б.Дж., Папаниколау А., Яссур М., Грабхерр М., Блад ПД, Боуден Дж. и др.. Реконструкция последовательности транскрипта de novo из RNA-seq с использованием платформы Trinity для генерации эталонов и анализа.Нат Проток. Издательская группа «Природа»; 2013; дои: 10.1038/нпрот.2013.084. 28. Хаас Б.Дж., Зальцберг С.Л., Чжу В., Пертеа М., Аллен Дж.Э., Орвис Дж. и др.. Автоматизированное аннотирование структуры генов эукариот с использованием EVidenceModeler и программы для сборки сплайсированных выравниваний.Геном Биол. 2008 г.; doi: 10.1186/gb-2008-9-1-r7. 29. Крепление ДВ. Использование базового инструмента поиска локальных выравниваний (BLAST).Проток Харба Холодного Источника. Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор; 2007 г.; дои: 10.1101/pdb.top17. 30. Бирни Э., Клэмп М., Дурбин Р. GeneWise и Genomewise.Геном Рез. 2004 г.; дои: 10.1101/гр.1865504. 31. Кэмпбелл М.С., Холт С., Мур Б., Янделл М. Аннотация и курирование генома с использованием MAKER и MAKERП.Современные протоколы в биоинформатике. 2014 г.; дои: 10.1002/0471250953.bi0411s48. 32. Вик Р.Р., Холт К.Е. Бенчмаркинг давно читаемых ассемблеров для полногеномного секвенирования прокариот. F1000Исследования. F1000 Research Limited, Лондон, Великобритания; 8:21382021; 33. Эммс Д.М., Келли С. OrthoFinder: устранение фундаментальных ошибок при сравнении всего генома значительно повышает точность вывода ортогрупп.Геномная биология. 2015 г.; дои: 10.1186/s13059-015-0721-2. 35. Маргрес М.Дж., Раутсо Р.М., Стрикленд Дж.Л., Мейсон А.Дж., Шрамер Т.Д., Хофманн Е.П. и др. Геном тигровой гремучей змеи обнаруживает сложный генотип, лежащий в основе простого фенотипа яда.Труды Национальной академии наук. Труды Национальной академии наук; 2021 год; дои: 10.1073/pnas.2014634118. 36. Джонс П., Биннс Д., Чанг Х.И., Фрейзер М., Ли В., Маканулла С. и др.. InterProScan 5: классификация функций белков в масштабе генома.Биоинформатика. 2014 г.; doi: 10.1093/биоинформатика/btu031. 37. Канехиса М. База данных KEGG.'Моделирование биологических процессов In Silico. Джон Уайли и сыновья, ООО; 38. Байрох А., Апвейлер Р. База данных последовательностей белков SWISS-PROT и ее дополнение TrEMBL в 2000 году. Исследования нуклеиновых кислот. 2000 г.; дои: 10.1093/нар/28.1.45. 39. Симау Ф.А., Уотерхаус Р.М., Иоаннидис П., Кривенцева Е.В., Здобнов Е.М. BUSCO: оценка сборки генома и полноты аннотаций с помощью однокопийных ортологов.Биоинформатика. 2015 г.; doi: 10.1093/ биоинформатика/btv351. 40. Го X, Чен Ф, Гао Ф, Ли Л, Лю К, Ю Л и др. CNSA: хранилище данных для архивирования данных омики.База данных. 2020; doi: 10.1093/база данных/baaa055. 41. Чен Ф.З., Ю Л.Дж., Ян Ф., Ван Л.Н., Го XQ, Гао Ф. и др.. CNGBdb: Китайская национальная база данных генного банка. И Чуан. 2020; doi: 10.16288/j.yczz.20-080. Отказ от ответственности/Примечание издателя:Заявления, мнения и данные, содержащиеся во всех публикациях, принадлежат исключительно отдельному автору(ам) и соавторам(ам), а не MDPI и/или редактору(ам). MDPI и/или редактор(ы) не несут ответственности за любой вред людям или имуществу, возникший в результате любых идей, методов, инструкций или продуктов, упомянутых в контенте.
