Функции Метаболические пути KEGG Д.А. Равчеев (7 апреля 2009 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр KEGG KEGG Объединяет информацию Геномную гены и белки, отношение ортологичности Химическую лиганды, малые молекулы, ферменты Биологическую (системную) метаболические пути, другие биологические процессы Включает 19 баз данных KEGG: базы данных Systems information KEGG PATHWAY KEGG BRITE KEGG MODULE KEGG DISEAS Pathway maps Functional hierarchies Pathway modules Diseases Genomic information KEGG ORTHOLOGY KEGG GENOME KEGG GENES KEGG DGENES KEGG EGENES KEGG VGENOME KEGG VGENES KEGG OGENES KEGG SSDB KEGG orthology (KO) groups KEGG organisms Genes in high-quality genomes Genes in draft genomes Genes as EST contigs Viral genomes (to be fully integrated) Genes in viral genomes (to be fully integrated) Genes in organelle genomes (to be fully integrated) Sequence similarities and best hit relations Chemical information KEGG COMPOUND KEGG DRUG KEGG GLYCAN KEGG ENZYME KEGG REACTION KEGG RPAIR Metabolites and other chemical compounds Drugs Glycans Enzymes Enzymatic reactions Reactant pairs and chemical transformations KEGG: система идентификаторов KEGG PATHWAY KEGG GENOME KEGG GENES KEGG ENZYME KEGG COMPOUND KEGG REACTION KEGG ORTHOLOGY KEGG GLYCAN KEGG RPAIR KEGG BRITE KEGG DRUG KEGG MODULE KEGG DISEASE map number organism code (T number) locus_tag/NCBI GeneID EC number C number R number K number G number A number br number D number M number H number С00047 - лизин K04527 – инсулиновый рецептор hsa5210 – путь возникновения рака простаты KEGG: геномы KEGG GENOME (KEGG Organisms) Эукариоты: 107 Бактреии: 804 Археи: 56 Система идентификации: трех-четырехбуквенный код hsa – Homo sapiens ath – Arabidopsis thaliana eco – Escherichia coli K-12 MG1655 ece – Escherichia coli O157 EDL933 hin – Haemophilus influenzae Rd KW20 mja – Methanococcus jannaschii KEGG: гены KEGG GENES 4,314,643 генов из эукариот, бактерий и архей KEGG ORTHOLOGY 11,813 ортологичных групп генов KEGG DGENES – гены из черновых (“draft”) геномов KEGG EGENES – белки, реконструированные из EST KEGG VGENEOME – вирусные геномы KEGG VGENES – гены из вирусных геномов KEGG OGENES – гены из геномов органелл KEGG: химическая информация KEGG COMPOUND – 15,413 метаболитов и других веществ KEGG DRUG – 8,872 лекарств (только разрешенные на территории США и Японии) KEGG GLYCAN – 10,969 гликанов KEGG ENZYME – 5,050 ферментов KEGG REACTION – 7,830 реакций KEGG: биологические процессы KEGG PATHWAY 91,564 пути на основе 345 «reference pathways» Reference pathway Homo sapiens KEGG: пример метаболической карты Задания 1. Найти описания двух веществ, субстрата и продукта. 2. Найти метаболический путь, в котором возможно превращение субстрата в продукт, раскрасить вещества и ферменты (с раскрашиванием ферментов могут возникнуть трудности – придется подумать) 3. Описать цепочку реакций для превращения субстрата в продукт. 4. Исследовать полученную цепочку реакций в других организмах Киото