Практикум №4 Упражнения Перед началом выполнения упражнений заведите директорию Practice4, в ней файл Protocol.txt. В этот файл пишите протокол — дату, краткую информацию о том, что сделано по каждому заданию. Протокол должен быть понятен «постороннему» — человеку, не видевшему сами задания. 1. Вычисление молекулярной массы белка по его аминокислотному составу Откройте файл AA.xls, добавьте новый лист и назовите его MW (от английского "molecular weight"). Скопируйте на него таблицу с названиями и молекулярными массами аминокислот. Оставьте только однобуквенные обозначения и массы, отсортируйте таблицу по алфавиту. Рядом разместите копию таблицы с аминокислотным составом Вашего белка (внимание: возможно Вам потребуется «специальная вставка»!). Если в ней другой порядок аминокислот, отсортируйте и эту таблицу. Соедините таблицы в одну, оставив только однобуквенные обозначения и необходимые Вам данные. Используя формулы и их копирование, вычислите молекулярную массу белка. Кратко опишите в протоколе алгоритм вычисления молекулярной массы и результат. Помните, что молекула белка — это не куча отдельных аминокислот! 2. Сравнение разных шкал гидрофобности. Особенности аминокислотного состава мембранных белков. 2.1. Разные методы оценки гидрофобности боковых групп приводят к разным шкалам гидрофобности. Возьмем 3 разные шкалы и выберем аминокислоты, чьи боковые группы гидрофобны (или гидрофильны) во всех 3-х шкалах . Создайте новую страницу книги и назовите ее HPhob. Скопируйте на него 3 разные популярные шкалы гидрофобности (файлы AA_Eisenberg.txt, AA_K&D.txt, AA_Hexp на диске Р). Каждую шкалу отсортируйте по количественной оценке гидрофобности. В каждой из них выберите значение, наиболее близкое к 0 и закрасьте ячейку серым цветом. Все ячейки с большими числами закрасьте красным, а с меньшими, — зеленым. Отсортируйте все 3 шкалы по названиям аминокислотных остатков и соедините в одну таблицу. Добавьте столбец, показывающий гидрофобность/гидрофильность каждого аминокислотного остатка, например, остатки, гидрофобные по всем 3-м шкалам, обозначьте единицей, гидрофильные по 3-м шкалам— числом "–1", а все остальные — 0. В протокол запишите списки гидрофобных и гидрофильных аминокислот согласно 3-м предложенным Вам шкалам. 2.2 На этом же листе ниже создайте таблицу вида: Среднее содержание в Содержание в белке ….. (краткое название Вашего протеоме E.coli бактериальных транспортерах белка) класса TC.2A А 0,12 … … Таблицу со средним аминокислотным составом мембранных белков класса TC.2A Вы найдете в файле AA_F.tm на диске Р. Вычислите для всех 3-х случаев отношение количества гидрофобных к количеству гидрофильных аминокислот (понимая под гидрофобностью/гидрофильностью согласованное «мнение» 3-х шкал гидрофобности). В протоколе приведите результаты и опишите Ваши выводы и наблюдения. Аминокислота 3. Диаграмма, иллюстрирующая аминокислотный состав Вашего белка в сравнении со средним аминокислотным составом протеома E.coli Создайте новый лист в книге и назовите его Comparison. На нем нужно создать таблицу вида Аминокислота Частота в (имя белка) Средняя частота в протеоме E.coli А С 0,045 0,051 Добавьте к таблице справа четвертый столбец, в котором против каждой аминокислоты будет стоять число 0,05. Что значит это число, нетрудно догадаться… Столбец нужно озаглавить. Выделите таблицу и вызовите мастера диаграмм. Среди типов нестандартных диаграмм выберите смешанную диаграмму — гистограмму ("столбики") и график, построенные на одной оси. На каждом шаге используйте возможности мастера диаграмм для создания понятного рисунка. Диаграмма должна иметь общее название, разумную легенду, понятные подписи осей. Создайте документ Word с названием compare.doc. Скопируйте в него диаграмму. Ниже опишите самые существенные, на Ваш взгляд, отличия: а) среднего аминокислотного состава протеома кишечной палочки от равномерного распределения аминокислотных остатков; б) аминокислотного состава Вашего белка от среднего. 4*. Проведите сравнение результатов, полученных Вами в упр.2.1 с данными таблицы «Общественное мнение о свойствах боковых групп». Если увидите расхождение, попробуйте объяснить, почему так получилось.