заведующая лабораторией ДНК

Л.А. Калашникова
Заведующая лабораторией ДНК-технологий
ВНИИплем, доктор биологических наук,
профессор
 Оценку
достоверности происхождения
 Выявление генетических аномалий
 Выявление посторонних включений в ДНК
(провирусная, чужеродная ДНК)
 Маркирование признаков продуктивности
 Анализ степени родства
- наследственный иммунодефицит,
 CVM - синдром деформации позвоночника
 BY – синдром костной деформации «брахиспайн»
 BLAD
Обязательно тестируется у быков-производителей,
имеющих любую долю голштинской крови !
 ДНК-маркеры
молочной продуктивности,
качества и технологических свойств молока
– CSN3, LGB, PRL, GH, LEP, DGAT1
 Микросателлитный
анализ
– по 12 локусам, утвержденным ISAG
Вероятность исключения неправильных
записей об отцовстве при использовании
6 STR- локусов – 99%
11 STR- локусов - 99,99%
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ
БЫКОВ ХОЛМОГОРСКОЙ ПОРОДЫ
МИКРОСАТЕЛЛИТНЫЙ ПРОФИЛЬ
КЛИЧКА,
ИНД.
НОМЕР
BM
1824
BM
2113
ETH
10
ETH
225
ETH
3
INRA
23
SPS
115
TGLA
122
DESERT 178
178
121
216
142
114
203
242
180
135
220
144
114
211
MATADOR
217
180
133
216
142
114
180
133
216
142
GURZUF 614
182
133
214
182
133
180
CAPIK 89
DOLLAR 297
KIT 562
TGLA
126
TGL
A
227
TGL
A
53
141k
118
67
181
246
149
122
91
183
211
242
141k
116
89
163
124
211
254
149
120
93
165
142
116k
211
242
141k
120
81
157k
216
144
126
213k
246
149
120
87
157k
123
216
144
118
205
242
141k
116
81
159
182
133
220
144
122
211
246
141k
118
81
163
180
123
216
134
114
203
242
141k
116
89
157k
188
135
216
142
118
209
242
171
116
91
163
182
121
216
144
118
205
242
141k
118
81
157k
188
123
216
144
124
209
242
161
124
97
159
новая официальная оценка молочного скота в США
включает в себя
40000 генетических маркеров
на каждое животное – это SNPs
ACGGTCGATCGG
CCTAGCTAGCTA
GCCTAGCCTATA
TAGCGCTAGCTA
CGATCGGATCGA
TCCGATCGATCG
ATATGCTCGATG
CAGTCGATAGTT
 30 пар хромосом
 3 биллиона нуклеотидов
от каждого родителя
TCGATCGGCCTAGCTAGCTAGC
 ACGGАCGATCСGCCTAGCTТGCTAGC
 ACGG
 Illumina
Bovine
SNP50
BeadChip™, 2007





2007 - Illumina Bovine SNP50 BeadChip™
Январь 2009 – генотипировано 15860 голов (из них
более 15000 быков).
Март 2009 – генотипировано более 23000 голов
И так далее
В настоящее время в США и Канаде
генотипированы все быки-производители
голштинской и джерсейской породы
Опроделение достоверности происхождения
 Выявление генетических аномалий;
 Маркирование продуктивных признаков;
 Определение степени родства и генетической
гетерогенности.

Все эти задачи решаются одновременно,
одноактным анализом одной пробы.
Однонуклеотидные маркеры (SNP)
для генетической идентификации,
утвержденные ISAG
Крупный рогатый скот
Обязательные
100
Дополнительные 100
Всего
200



63% маркеров показало соответствие 100%
34% маркеров показало соответствие 98-99.65%
2% маркеров показало соответствие 94-97.7%.
Что дает геномная
оценка ?
 Анализ
генома позволяет на уровне
ДНК определить, какие именно
участки генома и варианты генов
унаследовало данное животное от
своих предков и может передать
потомкам,
 и таким образом дать более точный
прогноз его племенной ценности.
Голштинская порода
Точность прогноза племенной ценности
по быкам (генотипировано более 14000
голов) возросла в среднем по всем
признакам на 25%.
Точность прогноза по содержанию жира в
молоке возросла на 43%, выходу
молочного жира – на 33%, содержанию
белка - на 34%, выходу молочного белка –
на 22%.
Переход
на раннюю оценку быков и
ускоренное их использование как
оцененных по результатам геномной
оценки
Использование молодых быков
позволяет ускорить генетический прогресс
молочных стад на 50%!
 прямого
анализа ДНК, определяющего
наследование важных функциональных
генов данным животным;
 собственных индивидуальных
показателей;
 информации о происхождении;
 информации о потомстве.
 200
000 рожденных бычков
 2000 для геномного теста
 200 ставятся на испытания
 20 отбирают к 14 месячному возрасту
Семенем молодых быков осеменяют ≈
30% коров
 В возрасте 57 месяцев остается не более
10 элитных быков
 Объединение
референтных популяций для
улучшения надежности оценки
 20 000 оцененных быков (самая большая
популяция голштинской породы в мире)
 Европейские партнеры:
•
•
•
•
•
Викинг Генетикс
UNCEIA – Франция
CRV – Голландия
DHV и VIT – Германия
CONAFE – Испания
Значимость новой генетической оценки
для эффективности селекции
приравнивают к значимости
искусственного осеменения
 Оценка
по SNP главных генов
 Закупки
за рубежом с учетом GPTA
 Оценка
импортных животных на основе
генотипирования и зарубежных баз данных
 Оценка
животных отечественной селекции
на основе генотипирования и ???
100 - 200 SNP - только идентификация - 2700
рублей
 9000 SNP - идентификация + GPTA для крс
с достоверностью 70% - 3700 рублей
 50000 SNP - идентификация + GPTA для крс
с достоверностью 74% + дополнительные тесты
(BLAD, бета-лактоглобулин, бета-казеин A/B,
каппа-казеин A/B/E, DUMPS, цитруллинемия) 9300 рублей.

БЛАГОДАРЮ
ЗА ВНИМАНИЕ