Белок и - Kodomo

Белок и «лиганд»: с
чем, как и зачем
может
взаимодействовать
белок
4.03.2014
1
Белок = полимер из
аминокислот (одна цепь)
Внутримолекулярные
взаимодействия
Боковые
группы
Главная цепь
Водородные
связи
Солевые и S-Sмостики
Гидрофобные
взаимодействия
Ван-дер-Ваальсовы
взаимодействия
Взаимодействия с
другими молекулами
Связывание
лигандов,
субстратов
Связывание
ДНК или РНК
Связывание
белков
Что такое лиганд?
2
Лиганд (от лат. ligare — связывать) — атом,
ион или молекула, связанные с неким центром
(акцептором).
Определение Википедии
Лиганд, в отличие от белка или РНК,
низкомолекулярное соединение
Белок
(большой)
Молекула
(маленькая)
3
Лиганды белков
(низкомолекулярные
соединения)
Кофакторы (коэнзимы)
Атомы
металлов
Органические
соединения
Zn2+, Mg2+,
Fe3+, K+
НАД+, ФАД,
гем, хинон,
Тиаминдифосфат,
коэнзим А
Субстраты (или
продукты, или
ингибиторы)
АТФ, ГТФ и
тысячи,
тысячи их
4
Кофактор vs. субстрат
Кофактор выступает в
роли части белка:
 либо не участвует в реакции,
катализируемой белком
напрямую
 либо в ходе последующей
реакции переходит в исходную
форму
 либо быстро обменивается
белком на такую же молекулу,
но в исходном состоянии
 второй субстрат, но с
тонкостью
5
Атомы металлов: кофакторы
Глицеролдегидрогеназа
Глицерол
(субстрат)
(PDB 1JQA)
Изображение
сайта
связывания
калия
6
Белок и нуклеиновые
кислоты
1) Белки, работающие с ДНК (РНК) как с
субстратом
(ДНКазы, ДНК-синтазы, ДНК-лигазы и т.п.) ДНК
2) Белки-рецепторы
Область контакта белка
и нуклеиновой кислоты
можно описывать
аналогично области
контакта белка и
низкомолекулярного
лиганда
(PDB 2CGP)
7
Пример области контакта
белка и лиганда