Анализ протеома бактерии T

Анализ протеома бактерии T.Thermophilus штамм HB8 .
Шайтжанов Тимур. Студент 1 курса.
Введение.
[Русское название]
Русское название бактерии – .
Вид: T.Thermophilus
Род: Thermus
Семейство: Thermaceae
Порядок: Thermales
Класс: Deinococci
Царство: Deinococcus-Thermus
Империя:Bacteria
Вид бактерии под микроскопом см. в файле S_simplicita.jpg (взят с сайта
http://www.molgen.mpg.de/~ag_ribo/ag_fucini/ffhistory/thermus_cells_small.jpg Длина
бактерии примерно 1,7м, толщина 1м
Среды обитания:
Термальные источники,бедные питательные среды,найдены в водопроводной воде.
Thermus thermophilus является моделью организма для генетических манипуляций.
Морские бактерии скоро станут частью кремов для защиты от солнечных ожогов.
Теплолюбивые бактерии, живущие в термальных источниках на дне океана, вскоре могут
стать прекрасным средством для защиты человеческой кожи от опасного летнего солнца.
Одна из французских косметических компаний разработала специальный наполнитель для
солнцезащитных лосьонов, усиливающий защиту кожи по мере роста температуры. Это
стало возможным благодаря бактерии Thermus thermophilus, преспокойно выживающей при
температуре 75°C. В настоящее время компания Sederma предполагает создать целую серию
солнцезащитных продуктов на основе T. thermophilus. Местом сбора микроорганизмов будут
термальные источники, находящиеся на дне моря в двух километрах от Калифорнийского
залива. Компоненты для своих продуктов Sederma будет получать в ходе брожения T.
thermophilus, однако сам процесс остается секретом. По утверждению участников проекта
результатом будет являться "белковый коктейль", включающий в себя энзимы, особенно
эффективные при борьбе со свободными радикалами, возникающими под воздействием
ультрафиолетового света и вовлеченными в повреждающие кожу реакции. Термальные
источники на дне моря содержат большое количество свободных радикалов, эффективные
способы зашиты от которых и были найдены живущими там микроорганизмами. Однако, в
отличие от энзимов, они способны функционировать при большой температуры. По
утверждению компании Sederma, эффективность новых ингридиентов при удалении
перекиси водорода увеличивается в три раза с ростом температуры от 40 °C до 25 °C.
Обитают в водопроводной воде. Просто добавить в нее капельку LA (совсем чуть-чуть, не
любят они богатые среды), подержать сутки при 65'С, а затем - на агар (можно сначала
промикроскопить, чтобы быть уверенным) и опять на 65'. Правда не во всех образцах
получалось - похоже зависит от степени ржавости труб водоснабжения.
Ну и проверить потом желательно: среда может зарасти термофильными бациллами, эти
заразы вездесущны. Кстати, термусы из водопровода часто теряют пигментацию в отличие
от гейзерных.
Большинство экстремальных термофилов, обитающие в геотермальных сред строгим
anaerobes как следствие адаптации к низкой растворимости кислорода в этих температур.
Однако, Thermus виды являются исключением потому, что они, строго аэробные
chemorganotrophs. Например Thermus thermophilus HB8 имеет возможность расти
anaerobically в присутствии аммония, вследствие синтеза нитрат редуктазы сложный просто
декларативное operon. Выражение этого operon склоняют при низких концентрациях
кислорода, когда нитратов находится. Т. thermophilus HB27 однако, не мог развиваться в
соответствии с этими анаэробных условиях. Исследователи показывают, что способность
расти anaerobically путем снижения нитратов могут быть перенесены и на аэробной нагрузки
HB27 путем конъюгации. Это событие спряжения зависит от интеграции коньюгированных
плазмиды, содержащие в узкий operon HB8 хромосомы которых можно мобилизовать на
хромосоме - как Хфр (высокая частота рекомбинации) механизм, который можно также
использовать другие хромосомные маркеры в зависящей от времени путь.
Помимо интереса к фундаментальным исследованиям, например структурной основой
белков thermostability или адаптации стратегии выживания при высоких температурах,
биотехнологии Термостабильный некоторые ферменты способствуют интерес к Т.
thermophilus. Эта неизменная стабильность и устойчивость к денату- рации физических и
химических факторов являются значительными преимуществами в промышленном
производстве. Некоторые ферменты из Thermus видах уже используются в
биотехнологических приложений, таких как ДНК полимеразной, необходимы ферменты,
используемые в ПЦР технологии. Другие сферы применения Термостабильный ферменты
являются крахмал обработки (например - amylases, isomerases глюкозы), органического
синтеза (например esterases, lipases, протеаз), диагностика, обработка отходов, производстве
целлюлозы и бумаги (например ксиланазы), и кормов для животных и продуктов питания
(аминокислот и синтез витаминов).
Исследователи стали сравнивать мезофильном бактерия Deinococcus radiodurans и T.
thermophilus. В обоих организмах доля аналогичный комплекс белков, хотя их геномы
отсутствие обширных synteny. Многие новые гены представляют потенциальный интерес
для биотехнологии были обнаружены в Т. thermophilus HB27. Кандидаты относятся
различные протеаз и ключевые ферменты других фундаментальных биологических
процессов, таких как ДНК, репликации, Репарацию ДНК и РНК созревание.
(http://translate.google.com/translate?hl=ru&sl=en&u=http://www.ebi.ac.uk/2can/genomes/bacteria/Thermus
_thermophilus.html&sa=X&oi=translate&resnum=1&ct=result&prev=/search%3Fq%3DT.Thermophilus%26hl
%3Dru%26lr%3D )
Геном и протеом T.Thermophilus
Статистические данные о геноме приведены в табл.1 Они взяты с сайта
http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html
Табл.1 Статистические данные о геноме T.Thermophilus
Хромосома
или плазмида
Число пар
нуклеотидов
Число генов
Chromosome
Plasmid pTT27
Plasmid pTT8
(*) Всего
1974
251
14
2239
1974
251
14
Суммарная
длина генов
(% от длины
хромосомы
или плазмиды)
18497442
256992
9322
Суммарная
GC
длина
состав
межгенных
(%)
промежутков
(%)
69,5
69,4
69
Литература
Ссылки :
http://www.g2l.bio.uni-goettingen.de/projects/c_proj_tt.html
http://www.tsukuba.ac.jp/eng/index.html
http://www.nature.com/
http://www.science.siu.edu/microbiology/micr460/460% 20Pages/460.horizanaerob.html