Олигонуклеотиды IDT. Каталог и прайс-лист
реклама
Каталог и прайс-лист Олигонуклеотиды IDT Компания IDT - один из крупнейших мировых поставщиков олигонуклеотидов высокой степени очистки, модифицированных олигонуклеотидов, РНК; других продуктов и услуг для секвенирования ДНК, проведения ПЦР, изучения профиля экспрессии генов и прочих исследовательских задач. ООО «СкайДжин» является эксклюзивным дистрибьютором IDT в России. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 info@skygen.com http://www.skygen.com Олигонуклеотиды IDT Компания Integrated DNA Technologies (IDT) начала свое существование в 1987 году в Коралвилле, штат Айова, США, как небольшая биотехнологическая исследовательская компания. В настоящее время она является крупнейшим в мире международным поставщиком олигонуклеотидов, имеет четыре собственных производства - в Коралвилле и Сан-Диего (США), Лёвене (Бельгия) и Сингапуре и обслуживает более 80 000 клиентов. Несмотря на существенный рост, IDT остается исследовательской компанией, которая постоянно совершенствует свои продукты, всегда готова помочь Вам и ответить на Ваши вопросы. Сотрудничество с научным сообществом и сохранение внутренних связей с клиентами являются приоритетами компании IDT. Популярность IDT в мировом научном сообществе связана с высоким качеством, широким спектром продуктов и услуг, а также с приемлемыми ценами. Продукты IDT применяются во многих областях науки и технологии, в том числе в секвенировании ДНК и ПЦР-анализе, изучении профиля экспрессии генов, анализе на микрочипах, исследованиях мутагенеза и однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), а также в функциональной геномике. Здание компании IDT в Коралвилле, штат Айова, США Гарантированное качество Компания IDT стала пионером в использовании методов широкомасштабного контроля качества. Абсолютно все произведенные олигонуклеотиды проходят контроль методом масс-спектрометрического анализа, результаты которого доступны для заказчика в режиме онлайн. Кроме того, для дополнительного контроля качества IDT использует капиллярный электрофорез и аналитическую высокоэффективную жидкостную хроматографию (ВЭЖХ). Помимо синтеза ДНК-олигонуклеотидов, компания IDT производит также олигорибонуклеотиды (РНК) высокого качества и по доступным ценам. Производственные корпорации в Коралвилле (Штат Айова), Сан-Диего (Штат Калифорния) и Лёвене (Бельгия) сертифицированы по стандарту ISO 9001:2008. Комплекс клинического и коммерческого производства на объекте в Коралвилле, дополнительно сертифицирован по ISO 13485:2003 и в него внедрен стандарт GMP по требованиям FDA. Инновации, текущие научные исследования и разработки В настоящее время в компании IDT ведутся исследования в области подавления экспрессии генов с помощью коротких шпилечных РНК (shRNA), РНК-интерференции (RNAi) и антисенс-технологии, а также анализа профиля транскрипции, секвенирования ДНК, выявления однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), амплификации ДНК. Для просмотра перечня научных публикаций специалистов компании IDT посетите раздел TechVault на сайте компании www.idtdna.com. Продукция и услуги компании IDT Компания SkyGen является официальным дистрибьютором IDT в России и поставляет продукцию этой всемирно известной компании. Для заказа необходимо заполнить форму, размещенную на сайте www.skygen.com по адресу http://www.skygen.com/upload/iblock/78b/78b0179fcd2fc9aef20a9832f745c9a8.xlsx. 1 Оглавление Синтез ДНК-олигонуклеотидов..............................................................................................................................4 ДНК-олигонуклеотиды в пробирках..................................................................................................................4 ДНК-олигонуклеотиды в планшетах..................................................................................................................5 Олигонуклеотиды «Ultramer» ............................................................................................................................6 Синтез РНК-олигонуклеотидов ..............................................................................................................................7 РНК-олигонуклеотиды ........................................................................................................................................7 2’-О-Me РНК .........................................................................................................................................................7 Модифицированные олигонуклеотиды (ДНК, РНК) ............................................................................................7 Очистка олигонуклеотидов ..................................................................................................................................10 Очистка в полиакриламидном геле (ПААГ) ....................................................................................................10 Очистка методом высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ) .............................................10 Аналитические услуги...........................................................................................................................................11 Масс-спектрометрия.........................................................................................................................................11 Капиллярный электрофорез ............................................................................................................................11 Аналитическая ВЭЖХ ........................................................................................................................................11 Программный пакет "SCITOOLS®"........................................................................................................................12 OligoAnalyzer® ....................................................................................................................................................12 Primetime® Predesigned qPCR Assay Selection Tool .........................................................................................13 RealTime PCR Design Tool ..................................................................................................................................13 Производство по стандарту сGMP (Current Good Manufacturing Practice) ......................................................14 Преимущества ...................................................................................................................................................14 Производство сGMP..........................................................................................................................................14 Окончание работы и отгрузка ..........................................................................................................................15 Контакты ............................................................................................................................................................15 Синтетическая биология ......................................................................................................................................16 gBlocks - фрагменты генов ................................................................................................................................16 Синтез генов ......................................................................................................................................................18 Векторы для клонирования .............................................................................................................................18 Олигонуклеотиды для построения генов .......................................................................................................20 Список литературы ...........................................................................................................................................20 Секвенирование нового поколения (Next Generation Sequencing) ..................................................................20 Выбор целевых последовательностей генома...............................................................................................20 ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 2 Олигонуклеотиды IDT Секвенирование ДНК........................................................................................................................................20 Применение секвенирования 454...................................................................................................................21 Секвенирование РНК ........................................................................................................................................22 Экспрессия генов ..................................................................................................................................................22 Готовые наборы, праймеры и зонды для кПЦР в реальном времени.........................................................22 Характеристики продукции PrimeTime® .........................................................................................................24 Наборы PrimeTime® для кПЦР на заказ...........................................................................................................25 Зонды PrimeTime® кПЦР ...................................................................................................................................26 Зонды кПЦР PrimeTime® Mini...........................................................................................................................27 Молекулярные маяки (Molecular Beacons).....................................................................................................27 Генотипирование ..................................................................................................................................................28 PrimeTime® зонды с флуорофором, тушителем и замкнутыми нуклеиновыми кислотами (LNA) ............28 Подавление экспрессии генов .............................................................................................................................30 Малые интерферирующие РНК – субстраты Дайсер (DsiRNA) ......................................................................30 Набор TriFECTa® ................................................................................................................................................31 Служба поддержки клиентов и техническая служба.........................................................................................31 Реагенты для молекулярной биологии...............................................................................................................32 Готовые праймеры, рандомные гексамеры и нонамеры .............................................................................32 Дополнительные реагенты реагенты:.............................................................................................................32 Лицензирование ...................................................................................................................................................32 Как заказать ...........................................................................................................................................................33 Условия заказа и доставки ...................................................................................................................................33 Прайс-лист .............................................................................................................................................................34 Синтез ДНК-олигонуклеотидов........................................................................................................................34 Очистка ДНК-олигонуклеотидов......................................................................................................................35 Модификации олигонуклеотидов ...................................................................................................................36 Зонды PrimeTime с флуорофором и тушителем ............................................................................................42 Синтез РНК-олигонуклеотидов ........................................................................................................................44 Синтез генов ......................................................................................................................................................45 Наборы PrimeTime® для кПЦР .........................................................................................................................46 3 Синтез ДНК-олигонуклеотидов ДНК-олигонуклеотиды в пробирках После синтеза и удаления защитных групп все олигонуклеотиды подвергают обессоливанию. Такие олигонуклеотиды ДНК могут быть поставлены заказчику в сухом (лиофилизированном) виде или в водном растворе. Количественный анализ олигонуклеотидов проводится дважды методом УФ-спектрофотометрии. Все олигонуклеотиды проходят контроль качества методом масс-спектрометрии. Шкала синтеза Длина, о. 25 нмоль 15–60 100 нмоль 10–90 250 нмоль 5–100 1 мкмоль 5-100 5 мкмоль 5–50 10 мкмоль* 5–50 * Возможен также синтез олигонуклеотидов в больших количествах (до 10 граммов). Нормализация концентрации Помимо лиофилизированных олигонуклеотидов, компания поставляет также растворы заказанных олигонуклеотидов в определенных концентрациях (25, 100, 250 нмоль и 1 мкмоль) в очищенной от РНКаз воде или IDTE буфере (1X TE буфер) с pH 8,0 или 7,5. Возможен индивидуальный заказа растворов с концентрацией, большей, чем указано в шкале синтеза. RxnReady Oligo В состав RxnReady Oligo входит до 26 стандартных обессоленных олигонуклеотидов по спецификации заказчика, смешанных в одной пробирке в количестве от 5 до 50 нмоль. Олигонуклеотиды могут иметь разные модификации и поставляются в сухом или растворенном виде. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 4 Олигонуклеотиды IDT ДНК-олигонуклеотиды в планшетах Олигонуклеотиды в количестве 24 шт и более могут быть поставлены заказчику в 96-луночном планшете. Олигонуклеотиды в количестве 96-и и более могут быть поставлены в 384-луночном планшете. Олигонуклеотиды в планшетах доставляются как в сухом виде, так и растворенными в воде, свободной от нуклеаз. Шкала синтеза Длина, о. 500 пмоль* 15–60 25 нмоль 15–60 100 нмоль 10–90 250 нмоль 5–100 1 мкмоль 5-100 5 мкмоль 5–50 10 мкмоль 5–50 *Для заказа по шкале 500 пмоль требуется заказать минимум 288 олигонуклеотидов. Возможные варианты загрузки планшетов IDT предлагает различные варианты загрузки планшетов: • • • • • • • • 5 каждая лунка загружена олигонуклеотидами в одинаковой концентрации или объеме; каждая лунка загружена олигонуклеотидами от полного выхода синтеза; нормализованные и смешанные олигонуклеотиды в одной лунке; нормализованные олигонуклеотиды высылаются в одном планшете, а остатки в другом планшете остатки от смеси праймеров могут быть высланы в двух отдельных планшетах; можно сделать копии 96- и 384-луночных планшетов; олигонуклеотиды в планшетах могут быть высланы в сухом или в растворенном виде; олигонуклеотиды в растворенном виде (в определенном объеме воды или IDTE буфера с pH 8,0 или 7,5) высылаются в сухом льду. Варианты загрузки 96-луночный планшет 384-луночный планшет Загрузка с полным выходом синтеза Бесплатно Бесплатно Загрузка в фиксированном количестве Бесплатно Бесплатно Загрузка в фиксированном количестве, остатки в другом планшете По запросу По запросу Варианты загрузки 96-луночный планшет 384-луночный планшет Смесь праймеров, в фиксированном количестве Бесплатно Бесплатно Смесь праймеров, в фиксированном количестве, остатки в другом планшете По запросу По запросу Копирование планшета По запросу По запросу Смесь праймеров с копированием планшета По запросу По запросу Олигонуклеотиды «Ultramer» Специальные условия синтеза и качество используемых реактивов позволяют IDT синтезировать очень длинные (до 200 оснований) олигонуклеотиды с гарантированным выходом. Такие длинные олигонуклеотиды могут требоваться для клонирования, экспериментов с shRNA, исследований мутагенеза или конструирования генов. Длинные фрагменты, синтезированные в виде ультрамерных олигонуклеотидов, существенно упрощают подобные эксперименты и позволяют сэкономить силы и время. Ультрамерные олигонуклеотиды могут быть поставлены как в пробирках, так и в планшетах. Все ультрамерные олигонуклеотиды поставляются в лиофилизированном виде с нормализацией количества. Для заказчиков, которым необходимо большое количество олигонуклеотидов, синтезированных по малой шкале, IDT предлагает ультрамерные олигонуклеотиды длиной 45-120 оснований, синтезированные по шкале 200 пмоль и поставляемые в планшетах на 96 или 384 лунки. Помимо обессоленных олигонуклеотидов, можно заказать олигонуклеотиды, очищенные в ПААГ. Продукция Очистка Гарантированный выход 200 пмоль ультрамерной ДНК в планшете* Обессоленные 200 пмоль/лунка 4 нмоль ультрамерной ДНК в пробирках Обессоленные 4 нмоль 20 нмоль ультрамерной ДНК в пробирках Обессоленные 20 нмоль Очищенная в ПААГ ультрамерная ДНК в пробирках Очищенные в ПААГ По запросу 4 нмоль ультрамерной ДНК в планшете Обессоленные 4 нмоль/лунка 20 нмоль ультрамерной ДНК в планшете Обессоленные 20 нмоль/лунка *Для заказа по шкале 200 пмоль требуется минимум 288 олигонуклеотидов. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 6 Олигонуклеотиды IDT Синтез РНК-олигонуклеотидов РНК-олигонуклеотиды Компания IDT поставляет РНК высокой степени очистки по запросу исследователей. РНК-олигонуклеотиды могут быть поставлены обессоленными, а также после дополнительной очистки. Возможно производство РНК-олигонуклеотидов по большей шкале (до 10 граммов). Шкала синтеза РНКолигонуклеотидов Длина, о. 100 нмоль 10–60 250 нмоль 5–60 1 мкмоль 5-60 5 мкмоль 5–50 10 мкмоль 5–50 2’-О-Me РНК 2’-О-метилированная РНК – это аналог РНК, устойчивый к действию РНКаз. Введение таких модифицированных оснований применяется для изготовления антисенс-нуклеотидов и siRNA, поскольку придает конструкции устойчивость к нуклеазам, а также по некоторым данным может препятствовать стимуляции иммунного ответа при экспериментах с siRNA. Модифицированные олигонуклеотиды (ДНК, РНК) IDT предлагает разнообразные модификации олигонуклеотидов. Они включают различные химические привязки, линкеры, флуорофоры, тушители, спейсеры и модифицированные основания. В приведенной ниже таблице перечислены примеры наиболее востребованных модификаций олигонуклеотидов. Для получения полного перечня всех возможных модификаций или дополнительной информации по этим модификациям, пожалуйста, посетите вебсайт www.idtdna.com. + - модификация доступна. x – модификация невозможна. o – по запросу. 7 Модификация 5’-концевая Внутренняя 3’-концевая ДНК РНК Химические привязки/линкеры 5’-аденилирование /5rApp/ x x + x 5’-амино-линкер (C12) /5AmMC12/ x x + + Амино-линкер (С6) /5AmMC6/ /iAmMC6T/ /3AmMO/ + + Биотинилирование /5Biosg/ /iBiodT/ /3Bio/ + + Диоксигенин /5DigN/ /iDigN/ /3Dig_N/ + o /5ThioMC6-D/ o /3ThioMC3-D/ + + /3Phos/ + + 5’-тиол (С6) Фосфорилирование Фосфорилирование /5Phos/ x Модифицированные основания 2’-дезоксиуридин /5deoxyU/ /ideoxyU/ /3deoxyU/ + + 2’-дезоксиинозин /5deoxyI/ /ideoxyI/ /3deoxyI/ + + 5'-метил-2’-дезоксицитидин /5Me-dC/ /iMe-dC/ /3Me-dC/ + + mA, mG, mC, mU mA, mG, mC, mU mA, mG, mC, mU + + 2'-O-метилРНК Флуорофоры 6-FAM™ (Флуоресцеин) /56-FAM/ x /36-FAM/ + + Флуоресцеин dT /5FluorT/ /iFluorT/ /3FluorT/ + + TET™ /5TET/ x o + + HEX™ /5HEX/ x o + + JOE (NHS эфир) /56-JOEN/ o /3Joe_N/ + o MAX™ (NHS эфир) /5MAXN/ o /3MAX_N/ + + TYE™ 563 /5TYE563/ x /3TYE563/ + + /5Cy3/ /iCy3/ /3Cy3Sp/ + + TAMRA (NHS эфир) /56-TAMN/ /i6-TAMN/ /36-TAMTSp/ + o ROX™ (NHS эфир) /56-ROXN/ o /3Rox_N/ + o Cy3™ ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 8 Олигонуклеотиды IDT Модификация 5’-концевая Внутренняя 3’-концевая ДНК РНК TEX 615 /5TEX615/ x /3TEX615/ + + TYE™ 665 /5TYE665/ x /3TYE665/ + + /5Cy5/ /iCy5/ /3Cy5Sp/ + + /5TYE705/ x o + + Cy5™ TYE™ 705 Тушители Iowa Black® FQ /5IABkFQ/ o /3IABkFQ/ + + Iowa Black® RQ /5IAbRQ/ o /3IAbRQSp/ + + Black Hole Quencher® 1 /5BHQ_1/ o /3BHQ_1/ + o Black Hole Quencher® 2 /5BHQ_2/ o /3BHQ_2/ + o /5Dab/ x /3Dab/ + + Дабцил Спейсеры Спейсер 18 /5Sp18/ /iSp18/ /3Sp18/ + + 1,2-дидезоксирибоза (dСпейсер) /5dSp/ /idSp/ /3dSp/ + + C3 спейсер /5SpC3/ /iSpC3/ /3SpC3/ + + 9 Очистка олигонуклеотидов Для высокочувствительных методов, таких, как мультиплексный ПЦР-анализ, клонирование, мутагенез или антисенс/РНК-интерференция, степень очистки нуклеотидов имеет ключевое значение. Каждый очищенный олигонуклеотид до 60 оснований в длину подвергается контролю качества для документации конечной чистоты. Чистота и количество может меняться в зависимости от длины, наличия модификаций или последовательности оснований олигонуклеотидов. Очистка в полиакриламидном геле (ПААГ) При очистке в ПААГ получаются олигонуклеотиды очень высокой чистоты, особенно немодифицированные и ультрамерные олигонуклеотиды. Очистка в ПААГ строго рекомендуется для олигонуклеотидов длиной свыше 60 оснований и является отличным методом для удаления более коротких примесных продуктов. Большинство модифицированных и очищенных в ПААГ олигонуклеотидов имеют чистоту более 90%. Очистку в ПААГ можно заказать для синтеза олигонуклеотидов в количестве 100, 250 нМоль, а также 1, 5 и 10 мкмоль. Очистка методом высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ) Все методы ВЭЖХ, за исключением ультраВЭЖХ, возможны для очистки олигонуклеотидов при шкале синтеза 100, 250 нмоль, 1, 5 и 10 мкмоль. Обращенно-фазовая ВЭЖХ (ОФ-ВЭЖХ) Подходит для очистки любых модифицированных или немодифицированных олигонуклеотидов. Для исследований на чувствительных культурах клеток или на животных IDT предлагает олигонуклеотиды, очищенные методом ОФВЭЖХ с использованием натриевой соли. ОФ-ВЭЖХ применяется также для очистки флуоресцентных красителей и некоторых гидрофобных модификаций. Для немодифицированных олигонуклеотидов обычно достигается чистота свыше 85%. Ионнообменная ВЭЖХ (ИО-ВЭЖХ) Подходит для очистки немодифицированных ДНК и РНК олигонуклеотидов. Этот метод также хорошо подходит для олигонуклеотидов, которые будут использованы для клеточных культур и в исследованиях на животных. Для немодифицированных олигонуклеотидов обычно достигается чистота свыше 85%. Для самых требовательных к чистоте олигонуклеотидов областей применения IDT предлагает двойную очистку разными методами ВЭЖХ или последовательную очистку в ПААГ и ВЭЖХ. Двойная очистка по ВЭЖХ существенно уменьшает количество продукта. Очистка в ПААГ с ВЭЖХ возможна не для всех модификаций. Чтобы узнать, подходит ли этот метод для ваших исследований, пожалуйста, свяжитесь с международной сервисной службой (international@idtdna.com). ВЭЖХ-очистка от РНКаз Применяется для очистки олигонуклеотидов РНК и ДНК для методов с большой чувствительностью к рибонуклеазам. ВЭЖХ-очистка от РНКаз проводится в среде, свободной от нуклеаз. Все реагенты, оборудование и поверхности в лабораториях подвергаются мониторингу загрязнений с применением системы RNaseAIert™. В гарантированном количестве предоставляются очищенные немодифицированные олигонуклеотиды длиной 20-50 оснований. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 10 Олигонуклеотиды IDT Аналитические услуги Масс-спектрометрия Все олигонуклеотиды от компании IDT проходят массспектрометрический анализ методом MALDI-TOF (Matrixassisted laser desorption/Ionization - time of flight). Данный метод широко применяется для контроля качества в условиях массового производства и может быть использован для анализа олигонуклеотидов длиной до 50 оснований (~ 15 кДа). Масс-спектрометрия по методу ESI (Electrospray Ionization) применяется для анализа более длинных олигонуклеотидов. Масс-спектры синтезированных олигонуклеотидов публикуются на сайте IDT. Для получения более подробной информации по этому методу посмотрите сообщение "Mass Spectrometry Analysis of Oligonucleotide Syntheses" на сайте IDT. Капиллярный электрофорез Капиллярный электрофорез применяется для количественного анализа чистоты продукта. Образцы олигонуклеотидов в нанолитровых объемах электрокинетически впрыскиваются в капилляры из кварцевого стекла, которые наполнены денатурирующим гелем, находящимся под электрическим напряжением. Олигонуклеотиды движутся в геле и разделяются в соответствии с длиной и зарядом молекулы. Поглощение при длине волны 260 нм определяется прибором, когда олигонуклеотиды протекают по капиллярам через детектор. Таким образом, на электрофореграмме отражается соотношение величин поглощения полноразмерного олигонуклеотида и примесей в образце. Для более подробной информации по этому методу посмотрите сообщение "Capillary Electrophoresis of Oligonucleotides" на сайте IDT (http://eu.idtdna.com/pages/docs/technical-reports/capillary-electrophoresis-ofoligonucleotides.pdf). Аналитическая ВЭЖХ Аналитическая ВЭЖХ является общепринятым методом оценки качества разнообразных проб. Анализ может быть проведен как методом обращенно-фазовой, так и ионообменной хроматографии. Эти методы применяются для оценки качества таких олигонуклеотидов, состав которых не подходит для анализа методом капиллярного электрофореза. 11 Программный пакет "SCITOOLS®" Программный пакет ”Scitools” от IDT представляет собой бесплатный онлайн-сервис для подбора и анализа олигонуклеотидов (http://eu.idtdna.com/scitools/scitools.aspx). Он позволяет подобрать готовые наборы для кПЦР (инструмент “Primetime®”), проанализировать температуры плавления и образование вторичных структур любых олигонуклеотидов (инструмент "OligoAnalyzer®"), рассчитать зонды для кПЦР (инструмент “Real Time PCR Design Tool”) и др. При анализе используются данные из базы данных нуклеотидных последовательностей NCBI (National Center for Biotechnology Information), программный пакет Scitools связан с онлайн-программой BLAST. “Scitools” состоит из следующих программных средств: • • • • • • • • • • • • • OligoAnalyzer® Tool Primetime® Predesigned qPCR Assay Selection Tool Real Time PCR Design Tool UNAFold - предсказание вторичных структур RNAi Design - подбор РНК-дуплекса для экспериментов с короткими интерферирующими РНК Predesigned DsiRNA - выбор предварительно приготовленных коротких интерферирующих РНК и наборов TriFECTа® shRNA Design - подбор олигонуклеотидов для клонирования коротких шпилечных РНК Antisense Design - подбор антисенс-олигонуклеотидов PrimeQuestTM Tool - подбор праймеров и зондов для ПЦР в реальном времени 454 FusionPrimers - подбор праймеров для методов секвенирования на 454 DilutionCalc - для расчета разведения ResuspensionCalc - для расчета объема жидкости в микролитрах для растворения сухих олигонуклеотидов miRNA Detection Kits - для обнаружения микроРНК OligoAnalyzer® Этот инструмент позволяет анализировать физические свойства олигонуклеотидов с любой последовательностью, включая вырожденные основания, РНК, метилированные или блокированные основания и т.д. "OligoAnalizer" рассчитывает длину, GC-состав, интервал температуры плавления, молекулярный вес, коэффициент поглощения и оптическую плотность. Для дальнейшего расчета возможных вторичных структур последовательности, в том числе шпилек и димеров, можно воспользоваться инструментом UNAFоld. Для определения специфичности рассчитанной последовательности можно воспользоваться программой NCBI BLAST. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 12 Олигонуклеотиды IDT Primetime® Predesigned qPCR Assay Selection Tool Эта программа предназначена специально для выбора предварительно рассчитанных наборов для кПЦР. Данные этой программы постоянно обновляются в соответствии с обновлением базы данных NCBI. Список известных наборов для кПЦР включает большое количество наборов для количественного анализа генов человека, крысы и мыши с учетом известных SNP и вероятности неспецифической амплификации и альтернативного сплайсинга по данным BLAST. Этот инструмент предоставляет полную информацию о местах посадки праймеров и зондов, их последовательностях, а также длине и температуре плавления ампликона. RealTime PCR Design Tool Этот инструмент предназначен для расчета зондов кПЦР и проверки их параметров. Для построения последовательности зонда необходимо просто ввести номер RefSeq или последовательность гена, выбрать расположение области исследования (например: вся кодирующая область или отдельные экзоны), а затем выбрать комплект зондов из предложенных программой. Для каждого комплекта зондов программа представит их последовательности, расположение, длину ампликона и температуру плавления. Данному программному пакету можно задать также дополнительные индивидуальные параметры: • температуру плавления мишени • длину ампликона • концентрации ключевых ингредиентов используемого "Master Mix" для кПЦР 13 Производство по стандарту сGMP (Current Good Manufacturing Practice) Помимо продукции для научных исследований, компания IDT производит также олигонуклеотиды, применяемые в клинической диагностике. Комплекс клинического и коммерческого производства IDT выпускает продукцию, соответствующую текущим стандартам cGMP, является контрактным производителем компонентов наборов реагентов для диагностической аппаратуры разных фирм-производителей, лицензирован по ISO13485:2003 и отвечает требованиям систем регуляции Управления по контролю за продуктами и лекарствами (FDA). Организация производства в данном комплексе соответствует стандарту ISO 14644, класс 8, с использованием ISO класс 5 – дефлекторов ламинарного течения для финальной заливки. В помещениях комплекса ведется постоянный контроль температуры, влажности, потоков воздуха, давления, концентрации частиц в воздухе и эффективности фильтрация воздуха через НЕРА-фильтры. Комплекс имеет также собственную систему обработки заказов, производства и поставки продукции в соответствии со стандартами качества для продуктов клинического направления. Возможно заключение долгосрочных контрактов. Преимущества • • • • простая система подачи и приема заказа; возможность производства с учетом требований и под контролем заказчика; централизованная система связи с клиентами; стабильность цен при контрактных соглашениях. Производство сGMP • • • продукты в количестве от 10 нмоль до 1 грамма; есть программы по стабилизации и хранению; 3 различные платформы синтеза, чтобы ответить всем требованиям клиентов; ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 14 Олигонуклеотиды IDT • • • • производство с использованием роботизированных станций для фасовки, измерение концентраций на спектрофотометре прямо в планшетах, специальная сушильная аппаратура; очистка различными методами ВЭЖХ, включая ионообменную ВЭЖХ и обращенно-фазовую ВЭЖХ с современными и традиционными буферами и колонками; доступные для заказчика результаты аттестации процесса и оборудования электронная запись процесса выполнения каждого заказа. Окончание работы и отгрузка IDT предлагает полный ряд услуг по заключительной обработке, отгрузке, маркировке и т.д.: • • • • • • упаковка по требованиям заказчика; реагенты от оригинальных производителей продукции; этикетки производятся третьей стороной; упаковка планшетов; программы по поддержке стабильности поставляемой продукции; функциональный контроль качества. Контакты Для заказа cGMP продукции компании IDT обратитесь к официальному дистрибьютору IDT в России компании SkyGen по электронной почте info@skygen.com или через онлайн-консультации на сайте www.skygen.com. По вопросам технологии производства продукта, а также его разработки и применения обратитесь в международный отдел сервиса клиентов компании IDT по электронной почте ccminfo@idtdna.com. 15 Синтетическая биология Компания IDT производит продукцию для исследований в области синтетической биологии и конструирования генов, от одноцепочечных олигонуклеотидов для традиционных методов синтеза генов и фрагментов генов, которые позволяют исследователям построить гены самостоятельно, до полноценных генов, поставляемых в виде готового вектора. Олигонуклеотиды для сборки гена Генные фрагменты gBlocks™ Синтез гена на заказ Описание Одноцепочечный олигонуклеотид по заказу Двухцепочечный линейный фрагмент Двухцепочечный продукт в составе вектора Длина 45–120 оснований 125–500 пар оснований <1500 пар оснований* Шкала синтеза 200 пмоль 200 нг 2 мкг Контроль качества Масс-спектрометрия Секвенирование по Сэнгеру Секвенирование по Сэнгеру Минимальный заказ 288 олигонуклеотидов 1 фрагмент 1 ген * информацию о возможности синтеза генов размером более 1500 (п.о.) можно получить по электронной почте от службы IDT Gene Support (genes@idtdna.com). При таком запросе просьба поставить нас в копию: info@skygen.com. Это позволит более оперативно реагировать на ваш запрос. gBlocks - фрагменты генов gBlocks - это линейные двухцепочечные генные блоки с определенной последовательностью до 500 пар оснований в длину, которые позволяют легко и быстро построить или модифицировать гены. Такие фрагменты позволяют рассчитать и построить различные конструкции для выбранных Вами систем клонирования. gBlocks можно использовать при клонировании практически в любой вектор с помощью общепринятых методик клонирования. Для построения генных фрагментов gBlocks используются те же методы и инструменты, что и для синтеза ультрамерных олигонуклеотидов. Последовательности таких олигонуклеотидов проверяются секвенированием. Преимущества: • • Многофункциональность: фрагменты генов gBlocks совместимы с большинством методов клонирования, включая метод "Gibson Assembly" и клонирование по тупым и липким концам. Легкое изотермическое построение генов: гены длиной до 2 тысяч п.о. можно надежно построить из 4-х фрагментов генов gBlocks; для построения генов достаточно перекрытия последовательностей в 30 оснований. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 16 Олигонуклеотиды IDT Высокое качество синтеза В среднем 90% фрагментов генов gBlocks дают правильную последовательность при клонировании прямо в плазмидный вектор. Даже фрагменты, которые состоят из сложных последовательностей, таких как последовательность с 30-тью нуклеотидными повторами ЦТА, дают 50% правильных клонов. На рисунке показаны результаты исследования количества клонов с правильной последовательностью вставок для 43 различных фрагментов генов gBlocks длиной от 126 до 459 пар оснований с ГЦ-составом от 40% до 70%. Фрагменты были синтезированы и клонированы в pIDTSMART-Amp по тупым концам, лигированные плазмиды были перенесены в XL1-Blue клетки. Для каждого gBlock были выбраны 3-25 клонов и секвенированы по традиционному методу Сэнгера. В среднем, 90% клонов имели правильную последовательность; 40 из 43-х фрагментов генов gBlock произвели свыше 80% клонов со вставками с правильной последовательностью. Простая сборка генов Из двух или более фрагментов gBlocks можно создавать гены и конструкции и клонировать с большой эффективностью с помощью метода Gibson Assembly™ [1]. Большая точность синтеза фрагментов генов gBlock значительно снижает количество клонов, которые требуют секвенирования по сравнению с традиционными методами построения генов из длинных олинуклеотидов (см. таблицу). Клон дикого типа Длина гена (п.о.) Количество фрагментов gBlocks Правильные клоны EGFP 720 2 3/8 Канамицин 810 3 2/8 Гены EGFP и канамицина были собраны из 2-х и 3-х фрагментов генов gBlocks, соответственно, были клонированы в рUC57 вектор, линеаризованный по сайту EcoRV методом Gibson Assembly [1]. Полученные клоны были проверены с помощью секвенирования двухцепочной ДНК. Результаты показывают, что построение генов с использованием фрагментов генов gBlocks является высоконадежным процессом, даже в случае использования 3 фрагментов. Изотермическая сборка генов из gBlocks происходит в несколько этапов (см. рисунок): • • • • • 17 Фрагменты генов построены с соответствующими перекрывающимися участками из 30-ти олигонуклеотидов на 3'-концах. 5'-экзонуклеаза удаляет некоторое количество оснований с 5'-концов двуцепочных фрагментов ДНК до того, как она потеряет активность при температуре 50°С. Вновь образованные перекрывающие липкие концы гибридизуются. ДНК-полимераза заполняет пропуски, в результате чего получается кольцевая плазмида или линейные фрагменты с липкими концами. В конце термофильная ДНК-лигаза ковалентно сшивает фрагменты ДНК. Изотермическая сборка гена из фрагментов gBlocks Синтез генов Для экономии времени и труда на синтез, клонирование и секвенирование сложных для клонирования последовательностей компания IDT предлагает разработку и синтез генов и синтетических генов MiniGenes. Они построены из ультрамерных олигонуклеотидов и проверены по обеим нитям ДНК методом секвенирования по Сэнгеру. Фрагменты MiniGenes синтезируются длиной до 400 п.о., а гены - от 401 до 1500 п.о. Гены длиной более 1500 п.о. могут быть синтезированы по индивидуальному заказу. При заказе Вы получаете 2 мкг высушенной и очищенной двухцепочечной ДНК, клонированной в кольцевой плазмидный вектор, готовый к использованию. Компания IDT предоставляет информацию о последовательности, которая включает хроматограммы, карту плазмиды и файл в FASTA-формате. Вся информация по заказанному гену, включая последовательность и другие параметры, строго конфиденциальна и хранится в компании IDT. Векторы для клонирования IDT предлагает векторы для клонирования, из которых удалены сайты рестрикции многих рестриктаз, что позволяет внедрить желаемые Вами сайты рестрикции в векторы для генов и фрагментов MiniGenes. Плазмиды для генов и минигенов незначительно отличаются расположением сайтов рестрикции. Подробные карты с указанием сайтов для каждого из этих векторов показаны в секции синтетических генов в разделе продукции на www.idtdna.com. Заказ векторов IDT принимает заказы клиентов на индивидуальные векторы. Для подробной информации свяжитесь с отделом поддержки по адресу genes@idtdna.com. Не забудьте также поставить нас в копию: info@skygen.com. Это позволит более оперативно решать вопросы по доставке и ценам. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 18 Олигонуклеотиды IDT Вектор pUCIDT (устойчивость к Ампициллину и Канамицину) Для большинства генов мы рекомендуем вектор pUCIDT, который похож на векторы, разработанные на основе pUC [2]. В векторе pUCIDT отсутствуют сайты рестрикции, которые обычно встречаются в исходной плазмиде pUC, что позволяет Вам добавлять необходимые сайты рестрикции. pUCIDT рекомендуется для работы с длинными генами. Типовые сайты рестрикции, НЕ представленные в данном векторе: AarI, AbsI, AccI, AfeI, AleI, AlfI, AloI, ApaI, ApoI, ArsI, AscI, AvaI, AvrII, BaeI, BamHI, BclI, BfuAI, BglII, BlpI, BsgI, BsmI, BtgI, DraIII, EcoNI, EcoRI, FalI, FseI, FspAI, HincII, HindIII, HpaI, KflI, KpnI, MluI, MreI, MscI, NaeI, NcoI, NdeI, NheI, NotI, NruI, PacI, PmeI, PmlI, PpuMI, PsiI, PsrI, PstI, SacI, SacII, SalI, SexAI, SfiI, SmaI, SphI, SrfI, StuI, SwaI, TliI, TstI, XbaI, XhoI, XmaI. plDTSmart (устойчивость Канамицину) к Ампициллину и Для синтетических генов - минигенов (MiniGenesTM)- мы советуем использовать plDTSmart, небольшую (~2000 п.о.) плазмиду, в которой отсутствуют основные сайты эндонуклеаз рестрикции и промоторы, обычно используемые в традиционных векторах. Типовые сайты рестрикции, НЕ представленные в данном векторе: ApaI, AvaI, BamHI, BclI, BglII, BspEI, BtgI, EagI, EcoRI, EcoRV, HindIII, HpaI, KpnI, MfeI, MluI, MreI, NarI, NcoI, NheI, NotI, PacI, PsiI, PstI, PvuII, SacI, SacII, SalI, SbfI, SexAI, SgrDI, SmaI, SrfI, StuI, StyI, TliI, XbaI, XhoI, XmaI, ZraI pIDBlue (устойчивость к Ампициллину) Это легко копируемый вектор на основе плазмиды pBluesccript II SK (+) phagemid [3]. Плазмида включает в себя межгенный участок f1, который дает возможность cis-активированной репликации кодирующей цепи ДНК в присутствии вспомогательного фага. Промоторы Т3 и Т7, которые ограничивают с обеих сторон места сайты клонирования, дают возможность осуществлять транскрипцию любой цепи ДНК in vitro. Сайт, сформированный при двухцепочной pUC, расположен на основании 1143. Типовые сайты рестрикции, НЕ представленные в данном векторе: ApoI, AscI, AvaI, BamHI, BclI, BglII, BlpI, BsmI, BspEI, BtgI, EagI, EcoRI, EcoRV, HindIII, HpaI, KpnI, MfeI, MluI, MreI, NarI, NcoI, NheI, NotI, NruI, NsiI, NspI, PacI, PasI, PsiI, PstI, PvuII, SacI, SacII, SalI, SbfI, SexAI, SgrDI, SmaI, SrfI, SspI 19 Олигонуклеотиды для построения генов При необходимости провести самостоятельный синтез генов de novo, IDT предлагает Вам одноцепочечные олигонуклеотиды длиной 45-120 оснований. Требуемый минимум заказа - 288 олигонуклеотидов. Для получения дополнительных сведений см. ниже информацию о заказе ультрамерных олигонуклеотидов в планшетах по шкале синтеза 200 пмоль. Список литературы 1. Gibson DG, Young L, et al. (2009) Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases. Nature Methods, 6(5):343–345. 2. Vieira J and Messing J. (1982) The pUC plasmids, an M13mp7-derived system for insertion mutagenesis and sequencing with synthetic universal primers. Gene, 19(3):259–268. 3. Alting-Mees MA and Short JM. (1989) pBluescript II: gene mapping vectors. Nucleic Acid Res, 17:9494. Секвенирование нового поколения (Next Generation Sequencing) Компания IDT производит олигонуклеотиды для работы на секвенаторах нового поколения NGS (Next Generation Sequencing): адаптеры, фьюжн-праймеры, молекулярные идентификаторы и другие задействованные в работе олигонуклеотиды для NGS. IDT имеет договор с Roche 454 Life Sciences и, дополнительно к заказам на стандартные олигонуклеотиды IDT, может поставить синтезированные адаптеры, которые сертифицированы компанией Roche. Выбор целевых последовательностей генома Ультрамерные олигонуклеотиды в количестве 200 пмоль в планшетах для гибридизации в растворах Гибридизация в растворах – это установленный метод для обогащения известных последовательностей генома. Для максимального покрытия областей интереса компания IDT предлагает синтез ультрамерных (от 45 до 120 оснований) олигонуклеотидов в планшетах. Данные олигонуклеотиды могут быть биотинилированными на 5'-конце. Качество синтеза всех олигонуклеотидов определяется по результатам масс-спектрометрического анализа. Минимальный заказ составляет 288 олигонуклеотидов. Очищенные методом ВЭЖХ олигонуклеотиды для блокирования. Блокирующие олигонуклеотиды снижают неспецифические взаимодействия между образцом и адаптерными последовательностями. Такие олигонуклеотиды подвергаются дополнительной очистке методом ВЭЖХ. Секвенирование ДНК ДНК-олигонуклеотиды для приготовления библиотек для NGS Данные олигонуклеотиды поставляются обессоленными, в лиофилизированном или растворенном виде. Для контроля качества все олигонуклеотиды анализируются масс–спектрометрическим методом. Количество продукта измеряется дважды методом УФ-спектрофотометрии для точного определения количества продукта. Для исследований методом NGS данные продукты компании IDT предоставляют следующие возможности: ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 20 Олигонуклеотиды IDT • • • Дизайн адаптеров, имеющих ин-лайн или 3rd-read баркоды. Подбор индивидуальных У-адаптеров для оптимизации процесса. Использование всех возможных модификаций для совместимости с любой платформой. ДНК-олигонуклеотиды для секвенирования ампликонов Возможно включение последовательности адаптера и/или баркода в состав Вашего праймера для оптимизации процесса. Услуга обработки True Grade для использования на мультиплексных секвенаторах (True GradeTM Processing service for Multiplexed NGS) Для повышения точности мультиплексного секвенирования нового поколения компанией IDT был разработан специальный метод производства олигонуклеотидов. При синтезе олигонуклеотидов этим методом точность узнавания баркода после секвенирования увеличивается в 30 раз по сравнению с использованием олигонуклеотидов, синтезированных и очищенных классическими методами. Это особенно важно для идентификации редких мутаций при анализе множества образцов. • • • Рекомендован для всех баркодированных олигонуклеотидов. Улучшает точность выравнивания баркодов после секвенирования. Возможен для ультрамерных и стандартных ДНК-олигонуклеотидов по запросу. * Для получения консультации по данной технологии свяжитесь с отделом технической поддержки на сайте www.idtdna.com в разделе “Support”. Применение секвенирования 454 По эксклюзивному соглашению с компанией Roche IDT предоставляет разнообразные продукты для использования в системе 454 Life Sciences. Специальное программное обеспечение от компании IDT позволяет подобрать фьюжнпраймеры, праймеры для FLX-систем секвенирования геномов, а также мультиплексные идентификаторы (MIDs) для секвенирования множественных библиотек. 454 фьюжн-праймеры могут применяться для ультрачувствительного секвенирования ампликона с целью выявления редких мутаций, а также для полной идентификации и количественного анализа частоты встречаемости вариантов последовательностей в популяции. Программная разработка “Fusion Primer Design” позволяет подбирать праймеры для отдельных экзонов из одного или более генов. Для более подробной информации по продуктам “454 Life Sciences” посетите www.454.com. • • Проведите секвенирование на “454 Genome Sequencer” Используйте программное обеспечение «Fusion Primer Design», чтобы начать изучение одного или более генетических локусов. Фьюжн-праймеры «GS FLX Standard» Эти праймеры имеют на 3'-конце 20-25 п.о., специфичных к образцу, и фиксированную последовательность из 19 п.о. (праймер А или праймер В) на 5`-конце. Возможно включение специфических идентифицирующих последовательностей в геноспецифичные праймеры заказчика, что позволит использовать их для проведения ПЦР в эмульсии. 21 Фьюжн-праймеры «GS FLX Titanium» Это праймеры c фиксированной длиной последовательности 25 п.о. (праймер А или праймер В) на 5`-конце и факультативным мультиплексным идентификатором (MID). Такие праймеры позволяют: • • • секвенировать более длинные ампликоны; увеличить длину прочитанной последовательности за один прогон; улучшить прочтение при двунаправленном секвенировании. Расширенный список MID-адаптеров. Библиотеки “GS FLX-Titanium RapidLibrary” Для амплификации и секвенирования множественных библиотек в одном отсеке устройства PikoTiter Plate требуется пометить библиотеки различными MID. В классическом наборе представлено 12 различных адаптеров, однако в том случае, если для целей эксперимента требуется больше MID, в расширенном списке адаптеров от компании IDT можно найти дополнительные уникальные последовательности, оптимизированные для применения MID. Секвенирование РНК Предварительно разработанные микроРНК-линкеры для амплификации РНК Это специально разработанные линкеры для клонирования микроРНК, предварительно протестированные в амплификации коротких РНК. Линкеры лигируются к одноцепочечной РНК для последующей амплификации с использованием уже известных последовательностей линкеров. Линкеры IDT имеют следующие особенности: • • • линкеры необходимо лигировать в отсутствии АТФ; обеспечивают уменьшение потерь из-за циркуляризации; линкеры 5`-аденилированы, блокированы на 3`-конце и очищены. ДНК-олигонуклеотиды с 5`-аденилированием Опытные исследователи могут уменьшить количество ступеней в процессе изготовления образцов для секвенирования на секвенаторах NGS путем использования линкеров для клонирования, которые включают в себя адаптерные последовательности. • • Объединение адаптерных и баркодовых последовательностей для оптимизации процесса. Возможность очистки олигонуклеотидов для улучшения качества образцов. Экспрессия генов Готовые наборы, праймеры и зонды для кПЦР в реальном времени IDT предлагает коллекцию готовых наборов PrimeTime® праймеров и зондов для кПЦР, созданных для 5`-нуклеазных наборов (которые являются «золотым стандартом» для количественного изучения экспрессии генов), а также PrimeTime® кПЦР наборы без зондов для экспериментов с интеркалирующими красителями. Наборы PrimeTime® для кПЦР Наборы PrimeTime® для кПЦР состоят из прямого праймера, обратного праймера и гидролизного зонда. Все компоненты находятся в одной пробирке. Эти смеси упрощают оптимизацию кПЦР, позволяют выбирать красители, ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 22 Олигонуклеотиды IDT добавлять второй дополнительный тушитель, выбирать соотношения праймера и зонда и настраивать параметры кПЦР. Наборы PrimeTime® кПЦР из коллекции IDT Predesigned Assays или изготовленные с помощью Real Time PСR Design Tool for Custom Assays гарантированно дают эффективность более 90% при использовании вместе с доступными в продаже готовыми наборами реактивов, т.н. Мaster mix. Индивидуальные и предварительно разработанные наборы для кПЦР предлагаются в трех различных фасовках, что позволяет оптимизировать расходы при разных объемах исследований, от скрининга нескольких генов до эндогенного контроля. Все олигонуклеотиды проходят контроль качества методом масс-спектрометрического анализа, результаты которого предоставляются бесплатно на сайте IDT. Готовые наборы для кПЦР Готовые наборы PrimeTime® Predesigned qPCR Assays применяются для изучения транскриптомов человека, крысы и мыши. Для получения информации о наборах от IDT воспользуйтесь программой PrimeTime® Predesigned Assays Selection Tools. Данная программа предназначена для выбора подходящего для заданной последовательности и олигонуклеотидов набора для кПЦР и содержит информацию об оптимальных параметрах (условиях реакции) для каждого набора. Она использует информацию о последовательностях из базы данных NCBI RefSeq, рассчитывает значение Tm и вторичную структуру, что позволяет избежать неспецифичной амплификации и однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Праймеры PrimeTime® для кПЦР с использованием интеркалирующих красителей Предлагаемые IDT праймеры PrimeTime® для кПЦР идеально подходят для экспериментов с SYBR Green и другими интеркалирующими красителями, для которых не требуются зонды. Эти специально разработанные пары праймеров сходны с используемыми в PrimeTime® Predesigned qPCR. Праймеры PrimeTime® для кПЦР созданы с учетом обновляемой информации о последовательностях, точных значениях Tm и предсказанных вторичных структурах с целью избежать неспецифичной амплификации и участков с SNP. Праймеры доступны в стандартном количестве - 5 нмоль. Их последовательности можно рассчитать, используя PrimeTime® Predesigned qRCR Assay Selection Tool или RealTime РCR Tool. Флуоресцентные тушителем ZEN™ олигонуклеотидные зонды с дополнительным Компания IDT разработала новый внутренний тушитель ZEN, который позволяет получать зонды с двумя тушителями для уменьшения фона и усиления сигнала. Зонды с двумя тушителями имеют флуорофор FAM на 5’-конце, тушитель IBFQ на 3’-конце и внутренний тушитель ZEN. В то время как традиционные зонды имеют приблизительно 20-30 оснований между флуорофором и тушителем, у тушителя ZEN расстояние до флуорофора сокращено до 9 оснований. Это расстояние и наличие тушителя на 3’-конце приводит к высокоэффективному тушению, значительно снижает фон и позволяет использовать гораздо более длинные зонды для определения АТ-богатых мишеней. Кроме того, использование зондов с двумя гасителями способствует понижению значений Сq, т.е. повышению чувствительности и точности по сравнению с традиционными зондами. 23 Характеристики продукции PrimeTime® Чувствительность и эффективность набора PrimeTime® для кПЦР при использовании вместе с Brilliant II Master Mix по сравнению с наборами других производителей. Образцы были приготовлены с использованием набора для синтеза кДНК AffinityScript из Human Universal Reference RNA (Agilent). Серии 10-кратных разведений кДНК (100-0.1 нг) амплифицировали с помощью системы кПЦР 7900НТ (Life Technologies) по стандартной программе. Данные в верхнем ряду показывают, что использование Brilliant II Master Mix с наборами PrimeTime® кПЦР (Agilent с IDT) позволяет снизить значения Cq на 1-2 цикла по сравнению с наборами других производителей, что особенно важно при низких концентрациях определяемой матрицы. В нижнем ряду показаны графики амплификации B2M и калибровочные кривые, а также результаты сравнения эффективности PrimeTime® зондов с зондами других производителей для 8 мишеней. При амплификации B2M наборы Agilent/IDT демонстрируют увеличение флуоресценции в 1,5 раза и выявляют каждую стандартную пробу на 1-2 Сq раньше, чем наборы конкурента А. В 7 из 8 стандартных наборов значения эффективности амплификации IDT/Agilent в среднем на 8% выше. Кроме того, следует отметить, что 5 из 8 наборов конкурентов IDT/Agilent показывают эффективность амплификации ниже 90%. Праймеры PrimeTime® кПЦР, использованные вместе с интеркалирующими красителями, показывают такие же высокие результаты, как и набор PrimeTime кПЦР. Panel A. NM_000436; Intercalating Dye (SYBR® Green). Panel B. NM_000436; Dual-labeled Probe. Panel C. NM_002967; Intercalating Dye (SYBR® Green). ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com Panel D. NM_002697; Dual-labeled Probe. 24 Олигонуклеотиды IDT Наборы PrimeTime® для кПЦР на заказ Если необходимого набора для кПЦР нет в списке готовых наборов, компания IDT предлагает Вам составить индивидуальный набор PrimeTime® кПЦР или рассчитать зонды и праймеры для кПЦР, используя программу RealTime PCR Design Tool, которая находится в секции SciTool на веб-сайте IDT. Просто введите номер RefSeq или скопируйте последовательность для программы. Эта программа позволяет выбирать нужные экзоны и просматривать последовательности праймеров и зондов. Количество реакций (20 мкл) Зонд (нмоль) Праймеры (нмоль)* PrimeTime® Mini qPCR набор 100 0,5 1,0 PrimeTime® Standard qPCR набор 200 2,5 2,5-10 PrimeTime® XL qPCR набор 2500 12,5 12,5-50 * Соотношение праймера к зонду может быть определено пользователем для стандартных и XL смесей. Также доступны различные комбинации флуорофора и тушителя: 5'-краситель 3'-тушитель FAM™ ZEN /Iowa Black® FQ2 FAM™ 25 Mini Standard XL + + + + + TM + + TM TM TM TAMRA HEX™ ZEN /Iowa Black® FQ TET™ ZEN /Iowa Black® FQ + + Cy5™ Iowa Black® FQ + + Зонды PrimeTime® кПЦР При расчете зондов можно выбрать разные комбинации пары краситель-тушитель. Стандартный уровень Сложный уровень Шкала синтеза Гарантированный минимум Шкала синтеза Гарантированный минимум 100 нмоль 10 нмоль 100 нмоль 2 нмоль 250 нмоль 25 нмоль 250 нмоль 8 нмоль 1 мкмоль 50 нмоль 1 мкмоль 20 нмоль 5`-краситель Тип тушителя 5`-краситель Тип тушителя ZEN™/Iowa Black® FQ FAM™ TAMRA™ NHS эфир TAMRA™ MAX™ (NHS эфир) Iowa Black® FAM™ Black Hole Quencher® Black Hole Quencher® Iowa Black® FQ Cy3™ Black Hole Quencher® TEX™ 615 Iowa Black® Cy5™ Black Hole Quencher® TYE™ 563 TYE™ 665 ZEN™/Iowa Black® FQ JOE (NHS эфир) Iowa Black® Black Hole Quencher® TAMRA™ (NHS эфир) Iowa Black® ROX (NHS эфир) Black Hole Quencher® Texas Red-X (NHS эфир) ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 26 Олигонуклеотиды IDT Зонды кПЦР PrimeTime® Mini Мини зонды PrimeTime кПЦР – это зонды FAM/IBFQ и FAM/ZEN/IBFQ, доступные в малой расфасовке (0,5 нмоль). Такой формат продукта идеально подходит для тестирования новых зондов, скрининга уровня экспрессии множества генов или тестирования перехода от тушителей, подобных FAM, на зонды FAM/IBFQ и FAM/ZEN/IBFQ. Шкала 100 нмоль 5`-Краситель FAM™ Гарантированный минимум 5 нмоль Тип тушителя ZEN™/Iowa Black® FQ Iowa Black® Black Hole Quencher® Молекулярные маяки (Molecular Beacons) Молекулярные маяки – это специальный класс зондов с флуорофором и тушителем, которые имеют комплементарные концы и в обычном состоянии образуют шпилькоподобную структуру. Шпилечная структура сближает репортер (флуорофор) и тушитель так, что происходит контактное, более эффективное тушение флуоресцентного излучения. После гибридизации с мишенью репортер и тушитель разделяются пространственно, и происходит разгорание флуоресценции. Молекулярные маяки – это олигонуклеотиды с репортером и гасителем длиной до 45 оснований, очищенные методом ВЭЖХ. 5`-репортер 3`-тушитель Шкала синтеза Гарантированный минимум выхода 6-FAM™ Iowa Black® FQ 1 мкмоль 40 нмоль 250 нмоль 10 нмоль 1 мкмоль 40 нмоль 250 нмоль 10 нмоль 1 мкмоль 40 нмоль 250 нмоль 10 нмоль 1 мкмоль 40 нмоль 1 мкмоль 40 нмоль 250 нмоль 10 нмоль 1 мкмоль 40 нмоль 250 нмоль 10 нмоль 1 мкмоль 40 нмоль Black Hole Quencher® 1 HEX™ TET™ TYE™ 563 TYE™ 665 27 Iowa Black® FQ Iowa Black® FQ Iowa Black® RQ Iowa Black® RQ Генотипирование PrimeTime® зонды с флуорофором, тушителем и замкнутыми нуклеиновыми кислотами (LNA) Замкнутые, или блокированные, нуклеиновые кислоты (Locked Nucleic Acids – LNA) могут быть включены в состав зондов с флуорофором и тушителем для выявления однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Так как наличие «замкнутых» оснований в нуклеиновых кислотах значительно повышают их температуру плавления, зонды LNA с двумя метками могут быть короче, чем стандартные ДНК-зонды. Другой их особенностью является чувствительность к SNP при гибридизации. При использовании стандартного ДНК-зонда разница Tm точного и неточного продуктов гибридизации составляет около 5˚С, а для LNA-зондов это значение может достигать более 15˚С, что повышает точность распознавания аллелей в кПЦР или других методах, в которых для определения полиморфизма используется разница в термостабильности продуктов гибридизации. 5`-репортер 3`-тушитель Шкала синтеза Гарантированный минимум выхода 3' Iowa Black® FQ 250 нмоль 8 нмоль 1 мкмоль 20 нмоль 250 нмоль 8 нмоль 1 мкмоль 20 нмоль 250 нмоль 8 нмоль 1 мкмоль 20 нмоль 250 нмоль 8 нмоль 1 мкмоль 20 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 5’ 6-FAM™ Black Hole Quencher® 1 3' Iowa Black® FQ 5’ HEX™ 3' Black Hole Quencher® 1 5’ TYE™ 563 3’ Iowa Black® RQ 3’ Iowa Black® RQ 5’ Cy3™ 3’ Black Hole Quencher® 2 3’ Iowa Black® RQ 5’ TEX™ 615 3’ Black Hole Quencher® 2 ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 28 Олигонуклеотиды IDT 3’ Iowa Black® RQ 5’ TYE™ 665 3’ Black Hole Quencher® 2 5’ Cy5™ 3’ Iowa Black® RQ 3’ Black Hole Quencher® 2 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль 250 нмоль 4 нмоль 1 мкмоль 10 нмоль Доступные для заказа зонды могут достигать до 25 нуклеотидов в длину и иметь до 6-ти вставок LNA, а также имеют репортер и тушитель. LNA-олигонуклеотиды PrimeTime очищаются методом ВЭЖХ. Производственные линии синтеза в 96-луночных планшетах в Коралвилле 29 Подавление экспрессии генов Малые интерферирующие РНК – субстраты Дайсер (DsiRNA) DsiRNA – это химически синтезированный РНК-дуплекс, который применяется для РНК-интерференции не менее широко, чем традиционные siRNA. DsiRNA была разработана в результате совместной работы Джона Росси (Beckman Research Institute of the City of Hope) и компании IDT. Традиционные siRNA длиной 21 нуклеотид подбираются так, чтобы они имитировали продукты гидролиза рибонуклеазой Дайсер, и, как следствие, не взаимодействовали с ним. Дайсер является компонентом комплекса RISC (RNA-induced silencing complex) и содействует присоединению процессированной РНК к RISC. DsiRNA с длиной 27 оснований подбираются так, чтобы они оптимально процессировались нуклеазой Дайсер. Этим методом можно легко получить стабильные нокдауны генов, используя DsiRNA в суб-наномолярных концентрациях. Для дополнительной информации смотрите секцию Gene Silencing на сайте IDT, в разделе Products. IDT предлагает свыше 3 000 000 DsiRNA, нацеленных на 25000 человеческих, мышиных, крысиных, коровьих, собачьих, куриных генов и генов шимпанзе, находящихся в базе данных Refseq Genbank (http://www/ncbi.nim.nih.gov/RefSeq). DsiRNA выбирают с помощью рационального алгоритма расчета, который объединяет как расчет традиционных siRNA (21 основание), так и новые специфические критерии для DsiRNA, состоящих из 27 оснований. Начальные стадии РНК интерференции после введения DsiRNA в клетку. (А) DsiRNA связываются и расщепляются с помощью Дайсера, потом переходят в комплекс RISC в заданном их последовательностью направлении (В) Традиционные синтетические siRNA (19-22 оснований) связываются с Дайсером и переходят в RISC без специфичности ориентации. Активность Дайсера на на 5`-конце DsiRNA блокируется двумя основаниями ДНК (на рисунке показаны красным цветом). В связи с этим Дайсер всегда связывается с противоположным 3’-концом и гидролизует последовательность в единственном положении, тем самым образуя запланированную последовательность длиной в 21 основание. DsiRNA поставляются в фасовках по 2, 10 и 40 нмоль (для немодифицированных дуплексов). Программа для расчета или выбора DsiRNA также бесплатно предлагается по ссылке: www.idtdna.com/Scitools/Applications/RNA/RNAi.aspx ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 30 Олигонуклеотиды IDT Набор TriFECTa® Набор TriFECTa состоит из трех дайсер-субстратных siRNA, специфичных к одному гену. Эти DsiRNA поставляются в отдельных пробирках и могут быть использованы по отдельности или совместно. Дуплексные РНК выбираются из библиотеки предварительно разработанных DsiRNA-последовательностей для транскриптомов человека, мыши, крысы, коровы, собаки, курицы и шимпанзе по данным базы Refseq Genbank. IDT гарантирует, что как минимум два из трех DsiRNA в пакете TriFECTA свяжутся с более чем 70% целевых mRNA*. Пакет TriFECTA состоит из: • • • • • трех специфичных дайсер-субстратных siRNA дуплексов (2 нмоль каждая); TМ флуоресцентно-меченого дуплекса TYE 563 для контроля трансфекции (1 нмоль); дуплекса для положительного контроля HPRT-ST (1 нмоль); дуплекса для отрицательного контроля NC1 (1 нмоль); свободного от нуклеаз буфера для дуплексов (100 mM KAс,30 mM HEPES pH 7.5) * измеренный при помощи кПЦР для концентрации 10 нМ флуоресцентный контроль на трансфекцию дуплекса показывает, что более чем 90% клеток были трансфицированы и положительный контроль HPRT работает с ожидаемой эффективностью. Эффективность набора TriFECTa®: контроль трансфекции и оптимизация дозы Клетки HeLa (на фото) были трансфицированы при помощи набора TriFECTa дуплексами, направленными на гены HPRT1, SSB, STAT1 и HNRPH1 в приведенных на гистограмме концентрациях. Относительные уровни мРНК измеряли при помощи кПЦР через 24 часа после трансфекции и нормализовали по внутреннему контролю RPLP0, используя в качестве 100% DS Scrambled Neg Control DsiRNA. (Nature Methods 3:475-486 (2006), Application Note; доступна онлайн) Служба поддержки клиентов и техническая служба Штат IDT включает в себя экспертов по молекулярной биологии, разработке олигонуклеотидов, секвенированию, мутагенезу, ПЦР и научным исследованиям. Связаться со службой поддержки и получить дополнительную информацию или методическую консультацию можно по электронной почте international@idtdna.com. Также есть возможность проконсультироваться в онлайн-режиме по веб-чату. 31 Реагенты для молекулярной биологии Готовые праймеры, рандомные гексамеры и нонамеры IDT предлагает готовые олигонуклеотиды со склада для приготовления проб, секвенирования и анализа экспрессии наиболее распространенных генов. Каждый праймер содержит 10 мг продукта с чистотой >95%, что обеспечивает оптимальное функционирование. Качество продуктов подтверждено масс-спектрометрическим анализом, а чистота капиллярным электрофорезом. К готовым продуктам относятся праймеры для амплификации гена GAPDH, олиго-dT олигонуклеотиды, рандомные гексамеры и нонамеры. Для получения полного списка готовых продуктов, пожалуйста, посетите сайт www.idtdna.com. Дополнительные реагенты реагенты: • • • • • буферы и реагенты, свободные от нуклеаз; раствор для очистки от нуклеазных загрязнений; вода, свободная от нуклеаз; продукты для обнаружения нуклеаз; олигонуклеотиды стандартных длин. Для полного перечня продуктов, предлагаемых IDT, посетите веб-сайт IDT www.idtdna.com. Лицензирование Для получения информации об использовании продуктов, гарантиях и лицензиях, пожалуйста, посетите веб-сайт IDT www.idtdna.com. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 32 Олигонуклеотиды IDT Как заказать Для заказа олигонуклеотидов IDT воспользуйтесь формой («Файл для заказа олигонуклеотидов» в разделе IDT на сайте компании SkyGen), размещенной на сайте http://www.skygen.com/ в разделе Биохимические реактивы, и отправьте ее по электронной почте в компанию SkyGen (info@skygen.com) для расчета стоимости заказа данной модификации олигонуклеотидов. Для скачивания и заполнения файла формы заказа в формате .xlsx воспользуйтесь QRкодом. Файл содержит три листа: инструкцию по заполнению формы заказа, саму форму заказа и список модификаций олигонуклеотидов, доступных для заказа в настоящее время. Для получения информации о прочих доступных модификациях посетите сайт www.idtdna.com. Заказ модификаций нуклеотидов, не входящих в список, возможен по запросу, как и заказ дополнительной продукции IDT (буферные растворы, случайные гексамеры и пр.). Условия заказа и доставки Стоимость доставки включается в любой счет. В стоимость входит доставка по России до лаборатории. Консолидированный заказ Индивидуальный заказ Скорость * По мере набора заказа + до 10 рабочих дней с момента синтеза, не включая пересылку по России До 10 рабочих дней с момента синтеза, не включая пересылку по России Возможность отслеживания нет да Цена (руб., с НДС) 3 894 руб. 9 794 руб. Внимание: указанная скорость является расчетной и может меняться в зависимости от фактического времени прохождения таможенного оформления. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. 33 Стоимость доставки 3 894 руб. за один счет при консолидированном заказе и 9 794 руб. при индивидуальном. Расчетный срок доставки без пересылки по России 10 рабочих дней с момента синтеза. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. Прайс-лист Синтез ДНК-олигонуклеотидов В пробирках Цена, шаг синтеза, у.е. Мин. выход OD Длина (п.о.) В планшетах Цена, шаг синтеза, у.е. Мин. выход, OD Длина (п.о.) 25 нмоль 0,25 3 15-60 25 нмоль 0,20 3 15-60 100 нмоль 0,46 6 10-90 100 нмоль 0,32 6 10-90 250 нмоль 0,85 15 5-100 250 нмоль 0,54 15 5-100 1 мкмоль 1,95 45 5-100 1 мкмоль 1,11 45 5-100 5 мкмоль 10,88 225 5-100 10 мкмоль 20,40 450 5-100 Олигонуклеотиды Ультрамерные олигонуклеотиды 4 нмоль 0,66 45-200 200 пмоль 0,19 45-200 20 нмоль 1,33 45-200 4 нмоль 0,36 45-200 Ультрамеры с очисткой в ПААГ 0,66 60-200 Ультрамеры 20 нмоль 0,71 45-200 Внимание: компания IDT предлагает услуги по контролю качества и очистке олигонуклеотидов. * Все олигонуклеотиды проверены методом масс-спектрометрии. * Можно заказать смеси олигонуклеотидов заданной концентрации. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 34 Олигонуклеотиды IDT Очистка ДНК-олигонуклеотидов Метод очистки Шкала синтеза Мин. выход, OD Цена, у.е. Очистка методом ВЭЖХ 100 нмоль 1 39 250 нмоль 4 58 1 мкмоль 20 92 5 мкмоль 100 223 10 мкмоль 200 338 100 нмоль 1 73 250 нмоль 2 111 1 мкмоль 10 172 5 мкмоль 50 459 10 мкмоль 100 695 100 нмоль 1 44 250 нмоль 2 70 1 мкмоль 10 116 5 мкмоль 50 651 10 мкмоль 100 957 100 нмоль 0.5 N/A 250 нмоль 1 121 1 мкмоль 5 223 5 мкмоль 25 860 10 мкмоль 50 1 319 Двойная очистка методом ВЭЖХ Очистка в ПААГ Двойная очистка в ПААГ и методом ВЭЖХ Внимание: не менее 24 ДНК-олигонуклеотидов на планшет. 35 Стоимость доставки 3 894 руб. за один счет при консолидированном заказе и 9 794 руб. при индивидуальном. Расчетный срок доставки без пересылки по России 10 рабочих дней с момента синтеза. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. Модификации олигонуклеотидов Модификация Артикул Шкала синтеза Цена, у.е. 5’-аденилирование /5rApp/ 100 нмоль 739,50 250 нмоль 892,50 1 мкмоль 1 530,00 100 нмоль 53,60 250 нмоль 67,60 1 мкмоль 100,70 100 нмоль 191,30 250 нмоль 191,30 1 мкмоль 286,90 100 нмоль 24,25 250 нмоль 30,50 1 мкмоль 51,00 100 нмоль 57,50 250 нмоль 72,75 1 мкмоль 111,00 100 нмоль 43,25 250 нмоль 51,00 1 мкмоль 100,75 100 нмоль 110,90 250 нмоль 110,90 1 мкмоль 172,10 100 нмоль 110,90 250 нмоль 110,90 1 мкмоль 172,10 5’-амино-линкер (C12) 3'-амино-линкер (С6) dT 5'-амино-линкер (С6) 3'-биотинилирование 5'-биотинилирование 3’-диоксигенин 5’-диоксигенин /5AmMC12/ /3ThioMC3-D/ /5AmMC6/ /3Bio/ /5Biosg/ /3Dig_N/ /5DigN/ ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 36 Олигонуклеотиды IDT Модификация Артикул Шкала синтеза Цена, у.е. 3’-тиол (С3) /3ThioMC3-D/ 100 нмоль 95,60 250 нмоль 95,60 1 мкмоль 146,60 100 нмоль по запросу 250 нмоль по запросу 1 мкмоль по запросу 100 нмоль 24,25 250 нмоль 29,25 1 мкмоль 48,50 100 нмоль 19,25 250 нмоль 24,25 1 мкмоль 43,25 /3deoxyU/ 100 нмоль 9,60 /5deoxyU/ 250 нмоль 11,50 /ideoxyU/ 1 мкмоль 17,20 /3deoxyI/ 100 нмоль 9,60 /5deoxyI/ 250 нмоль 11,50 /ideoxyI/ 1 мкмоль 17,20 /3Me-dC/ 100 нмоль 48,50 /5Me-dC/ 250 нмоль 57,40 /iMe-dC/ 1 мкмоль 86,70 /36-FAM/ 100 нмоль 57,50 /56-FAM/ 250 нмоль 72,75 1 мкмоль 146,75 100 нмоль 172,10 5’-тиол (С6) 3’-фосфорилирование 5’-фосфорилирование 2’-дезоксиуридин (3’, 5’, внутр.) 2’-дезоксиинозин (3’, 5’, внутр.) 5'-метил-2’-дезоксицитидин (3’, 5’, внутр.) 6-FAM (3' или 5') Флуоресцеин dT (5’, внутр.) 37 /5ThioMC6-D/ /3Phos/ /5Phos/ /5FluorT/ Стоимость доставки 3 894 руб. за один счет при консолидированном заказе и 9 794 руб. при индивидуальном. Расчетный срок доставки без пересылки по России 10 рабочих дней с момента синтеза. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. Модификация 5’ HEX 5’ TET 5’ JOE (NHS эфир) 5’ MAX™ (NHS эфир) 3’ TYE™ 563 5’ TYE™ 563 3’ Cy3™ 5‘ Cy3™ Артикул Шкала синтеза Цена, у.е. /iFluorT/ 250 нмоль 191,30 1 мкмоль 267,80 100 нмоль 57,50 250 нмоль 72,75 1 мкмоль 146,75 100 нмоль 57,50 250 нмоль 72,75 1 мкмоль 146,75 100 нмоль 191,30 250 нмоль 191,30 1 мкмоль 286,90 100 нмоль 76,50 250 нмоль 95,60 1 мкмоль 146,60 100 нмоль 76,50 250 нмоль 95,60 1 мкмоль 146,60 100 нмоль 65,00 250 нмоль 81,60 1 мкмоль 122,40 100 нмоль 91,80 250 нмоль 110,90 1 мкмоль 172,10 100 нмоль 81,60 250 нмоль 100,70 /5HEX/ /5TET/ /56-JOEN/ /5MAXN/ /3TYE563/ /5TYE563/ /3Cy3Sp/ /5Cy3/ ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 38 Олигонуклеотиды IDT Модификация Cy3™ внутр. TAMRA (3', 5’) TAMRA (внутр.) ROX™ (NHS эфир) 3’ TEX 615 5’ TEX 615 3’ TYE™ 665 5’ TYE™ 665 39 Артикул Шкала синтеза Цена, у.е. 1 мкмоль 153,00 100 нмоль 153,00 250 нмоль 191,30 1 мкмоль 286,90 /36-TAMTSp/ 100 нмоль 81,50 /56-TAMN/ 250 нмоль 95,75 1 мкмоль 146,75 100 нмоль 191,30 250 нмоль 216,80 1 мкмоль 382,50 100 нмоль 146,60 250 нмоль 146,60 1 мкмоль 216,80 100 нмоль 95,60 250 нмоль 114,80 1 мкмоль 172,10 100 нмоль 76,50 250 нмоль 95,60 1 мкмоль 146,60 100 нмоль 76,50 250 нмоль 95,60 1 мкмоль 146,60 100 нмоль 65,00 250 нмоль 81,60 1 мкмоль 122,40 /iCy3/ /i6-TAMN/ /56-ROXN/ /3TEX615/ /5TEX615/ /3TYE665/ /5TYE665/ Стоимость доставки 3 894 руб. за один счет при консолидированном заказе и 9 794 руб. при индивидуальном. Расчетный срок доставки без пересылки по России 10 рабочих дней с момента синтеза. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. Модификация Артикул Шкала синтеза Цена, у.е. 3’ Cy5™ /3Cy5Sp/ 100 нмоль 91,80 250 нмоль 110,90 1 мкмоль 172,10 100 нмоль 81,60 250 нмоль 100,70 1 мкмоль 153,00 100 нмоль 153,00 250 нмоль 191,30 1 мкмоль 286,90 /3Sp18/ 100 нмоль 43,25 /5SpC3/ 250 нмоль 51,00 /iSp18/ 1 мкмоль 81,50 /3Sp18/ 100 нмоль 76,50 250 нмоль 76,50 1 мкмоль 114,80 /5Sp18/ 100 нмоль 48,50 /iSp18/ 250 нмоль 57,40 1 мкмоль 86,70 100 нмоль 133,90 250 нмоль 133,90 1 мкмоль 191,30 100 нмоль 81,60 250 нмоль 95,60 1 мкмоль 146,60 100 нмоль 48,50 5’ Cy5™ Cy5™ внутр. C3 спейсер (3', 5', внутр.) 3’ Спейсер 18 Спейсер 18 (5’ или внутр.) 3’ 1,2-дидезоксирибоза (dСпейсер) 5’ 1,2-дидезоксирибоза (dСпейсер) 1,2-дидезоксирибоза /5Cy5/ /iCy5/ /3dSp/ /5dSp/ /idSp/ ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 40 Олигонуклеотиды IDT Модификация Артикул Шкала синтеза Цена, у.е. 250 нмоль 57,40 1 мкмоль 86,70 /3IABkFQ/ 100 нмоль 68,75 /5IABkFQ/ 250 нмоль 86,75 1 мкмоль 134,00 /3IAbRQSp/ 100 нмоль 68,75 /5IAbRQ/ 250 нмоль 86,75 1 мкмоль 134,00 100 нмоль 79,00 250 нмоль 100,75 1 мкмоль 146,75 100 нмоль 79,00 250 нмоль 100,75 1 мкмоль 146,75 100 нмоль 76,50 250 нмоль 95,60 1 мкмоль 146,60 (dСпейсер) внутр. Iowa Black FQ (3' или 5') Iowa Black RQ (3' или 5') 3' Black Hole Quencher 1 3' Black Hole Quencher 2 3’ Дабцил /3BHQ_1/ /3BHQ_2/ /3Dab/ Внимание: цена указана без учета синтеза и очистки олигонуклеотида. * В списке представлены не все доступные модификации. Посетите сайт www.idtdna.com. * Для формирования нужной структуры зонда может потребоваться дополнительная очистка за дополнительную плату. * За эффективность олигонуклеотидов, предназначенных для кПЦР, но не относящихся к PrimeTime зондам, производитель ответственности не несет. 41 Стоимость доставки 3 894 руб. за один счет при консолидированном заказе и 9 794 руб. при индивидуальном. Расчетный срок доставки без пересылки по России 10 рабочих дней с момента синтеза. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. Зонды PrimeTime с флуорофором и тушителем 5' Флуорофор 3' Тушитель Шкала синтеза * Цена, у.е. Примечания Шкала синтеза / Мин. выход: Стандартные зонды 6-FAM HEX TET Zen + Iowa Black FQ, 100 нмоль 229,50 TAMRA, 250 нмоль 321,50 Black Hole Quencher 1 1 мкмоль 482,00 Zen + Iowa Black FQ 100 нмоль 283,00 Black Hole Quencher 1 250 нмоль 405,50 1 мкмоль 596,50 Zen + Iowa Black FQ, 100 нмоль 283,00 Black Hole Quencher 1 250 нмоль 405,50 1 мкмоль 596,50 100 нмоль / 10 нмоль 250 нмоль / 25 нмоль 1 мкмоль / 50 нмоль Сложные зонды FAM MAX NHS Cy3 или Cy5 Cy3 или Cy5 Joe NHS эфир TAMRA (NHS Ester) 100 нмоль N/A 250 нмоль 482,00 1 мкмоль 665,50 Zen + Iowa Black FQ, 100 нмоль 359,50 Black Hole Quencher 1 250 нмоль 421,00 1 мкмоль 627,50 100 нмоль 260,00 250 нмоль 306,00 1 мкмоль 551,00 100 нмоль 359,50 250 нмоль 421,00 1 мкмоль 627,50 100 нмоль N/A Iowa Black RQ Black Hole Quencher 2 Zen + Iowa Black FQ, ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com Шкала синтеза / Мин. выход: 100 нмоль / 2 нмоль 250 нмоль / 8 нмоль 1 мкмоль / 20 нмоль 42 Олигонуклеотиды IDT 5' Флуорофор TAMRA NHS эфир TAMRA NHS эфир 3' Тушитель Шкала синтеза * Цена, у.е. Black Hole Quencher 1 250 нмоль 482,00 1 мкмоль 727,00 100 нмоль N/A 250 нмоль 398,00 1 мкмоль 596,50 100 нмоль N/A 250 нмоль 482,00 1 мкмоль 727,00 Iowa Black RQ Black Hole Quencher 2 Примечания Зонды с двумя тушителями FAM ZEN + Iowa Black FQ 0.5 нмоль 69,00 Mini qPCR зонд FAM ZEN + Iowa Black FQ 2.5 нмоль 99,50 Eco qPCR зонд Внимание: цена указана без учета синтеза и очистки олигонуклеотида. * Шкала синтеза не совпадает с минимальным гарантированным выходом. Минимальный выход см. в графе «Примечания». 43 Стоимость доставки 3 894 руб. за один счет при консолидированном заказе и 9 794 руб. при индивидуальном. Расчетный срок доставки без пересылки по России 10 рабочих дней с момента синтеза. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. Синтез РНК-олигонуклеотидов Продукт Шкала синтеза Цена, у.е. РНК-олигонуклеотиды 100 нмоль 6,75 250 нмоль 8,50 1 мкмоль 15,25 5 мкмоль 57,75 10 мкмоль 102,00 100 нмоль 9,25 250 нмоль 15,25 1 мкмоль 21,50 5 мкмоль 91,75 10 мкмоль 168,25 100 нмоль 63,00 250 нмоль 91,75 1 мкмоль 146,25 5 мкмоль 312,75 10 мкмоль 535,50 100 нмоль 0,50 250 нмоль 0,75 1 мкмоль 1,75 5 мкмоль 11,00 10 мкмоль 20,50 2’-O-метил РНК Очистка от РНКаз методом ВЭЖХ Химерные ДНК-РНК нуклеотиды Примечания Цена указана для шага синтеза Цена указана для шага синтеза Цена указана для включение одного ДНКоснования Малые интерферирующие РНК – субстраты Dicer (DsiRNA) Дуплекс DsiRNA в пробирках 2 нмоль 108,50 10 нмоль 159,00 40 нмоль 245,75 ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 44 Олигонуклеотиды IDT Продукт Шкала синтеза Цена, у.е. Примечания Дуплекс DsiRNA в планшетах 2 нмоль 86,75 10 нмоль 130,00 40 нмоль N/A Продукт Размер (п.о.) Цена, у.е. Примечания Синтез генов 25-500 229,50 Цена указана за 1 ген 501-1500 0,46 Цена указана за 1 п.о. 1501-3000 0,46 Цена указана за 1 п.о. 3001-5000 0,61 Цена указана за 1 п.о. 5001+ bp по запросу 125-500 127,50 Цена указана за 1 gBlock 501-750 177,00 Цена указана за 1 gBlock Минимальное количество олигонуклеотидов для поставки в планшете 24 шт. Синтез генов Синтез gBlocks Внимание: все дополнительные услуги по синтезу генов включены. * Оптимизация кодонов. * Сборка генов и клонирование в плазмиду. * Подтверждение последовательности секвенированием. * QC доступно в онлайн-режиме. 45 Стоимость доставки 3 894 руб. за один счет при консолидированном заказе и 9 794 руб. при индивидуальном. Расчетный срок доставки без пересылки по России 10 рабочих дней с момента синтеза. Цены действительны с 19.11.2013. Цены указаны в условных единицах (1 у.е. = 1 EUR) без учета НДС (18%). Оплата в рублях по курсу ЦБ РФ на день выставления счета + 2%. Компания оставляет за собой право изменения данного прейскуранта без предварительного уведомления. Наборы PrimeTime® для кПЦР Флуорофор/тушитель Количество реакций (20 мкл) Цена, у.е. Зонд (нмоль) Праймеры (нмоль) Набор Mini qPCR Assay FAM / Zen + Iowa Black FQ 100 84,00 0,5 1 Другие комбинации флуорофора и тушителя 100 N/A 0,5 1 Набор Standard qPCR Assay FAM / Zen + Iowa Black FQ 500 137,50 2,5 2.5-10 Другие комбинации флуорофора и тушителя 500 168,50 2,5 2.5-10 Набор XL qPCR Assay FAM / Zen + Iowa Black FQ 2500 405,50 12,5 12.5-50 Другие комбинации флуорофора и тушителя 2500 459,00 12,5 12.5-50 Внимание: * Наборы также доступны в 96-луночных планшетах. Цена по запросу. * Соотношение праймеров и зондов может быть изменено по запросу, за исключением наборов PrimeTime Mini. ООО СкайДжин. 115093, Москва, ул. Люсиновская, д. 36, стр. 1 Тел/факс +7 (495) 215-02-22 http://www.skygen.com info@skygen.com 46 SkyGen LLC, rкаталоги прайс-лист IDT v0.1 от 19. 11. 2013
