файл презентации проекта

Соглашение № 14.576.21.0072 от 06.11.14
Разработка технологии картирования сайтов
метилирования de novo в геноме человека
(эпигенетического секвенирования) на автоматических
секвенирующих машинах нового поколения (NGS).
Разработка сервиса обработки данных по результатам
эпигенетического секвенирования
ООО «СибЭнзайм»
Индустриальный партнер не предусмотрен
2014
2015
Итого
Субсидия
3 500 000
0
3 500 000
Внебюджет
1 275 000
4 065 000
5 340 000
Исполнитель проекта
Кузнецов Виталий Викторович
ЦЕЛИ
Разработка нового метода картирования сайтов
метилирования de novo R(5mC)GY в геноме
человека (эпигенетического секвенирования),
базирующегося на использовании
метилзависимой ДНК-эндонуклеазы GlaI и NGSсеквенирования.
 Разработка сервиса обработки данных по
картированию сайтов метилирования de novo
R(5mC)GY в геноме человека.

ЗАДАЧИ





Разработка метода пробоподготовки ДНК с
использованием ДНК-эндонуклеазы GlaI.
Разработка алгоритма обработки данных
секвенирования геномной ДНК и определения
позиций метилированных сайтов R(5mC)GY.
Разработка блок-схемы, адаптирующей программное
обеспечение CLC Bio/CLC Genomic Workbench для
создания эпигеномных карт.
Разработка базы данных распределения сайтов
R(5mC)GY в геномах клеточных линий человека и в
ДНК различных тканей человека в зависимости от
пола, возраста и наличия заболеваний.
Получение карт распределения метилированных
сайтов R(5mC)GY в препаратах ДНК из клеточной
линии фибробластов легких человека L-68
(здоровые клетки) и малигнантных клеточных линий
человека Raji, и U-937.
ПЛАНИРУЕМЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ПРОЕКТА





Методика гидролиза геномной ДНК ферментом GlaI
и элюции целевых фрагментов, пригодных для
эпигенетического секвенирования, из геля.
Экспериментальный образец сервиса обработки
данных секвенирования и картирования сайтов
метилирования de novo R(5mC)GY в геноме
человека.
Технология картирования сайтов R(5mC)GY в геноме
человека c использованием NGS-секвенирования
(эпигенетического секвенирования).
Эпигенетические карты сайтов R(5mC)GY в
препаратах ДНК из клеточных линий человека (L-68,
U-937, Raji).
Экспериментальный образец набора реагентов для
пробоподготовки ДНК к эпигенетическому
секвенированию на NGS-машинах.
РАБОТЫ, ПРОВЕДЕННЫЕ В ОТЧЕТНОМ ПЕРИОДЕ
И ДОСТИГНУТЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ
Проведен аналитический обзор литературы и
патентные исследования.
 Разработан лабораторный регламент гидролиза
геномной ДНК ферментом GlaI и элюции целевых
фрагментов, пригодных для эпигенетического
секвенирования, из геля.
 Разработан сервис обработки данных
эпигенетического секвенирования, в том числе:

Создано программное обеспечение для коррекции
ошибок NGS;
 Разработка блок-схемы, адаптирующей программное
обеспечение CLC Bio/CLC Genomic Workbench для
трактовки результатов эпигенетического секвенирования
и создания эпигенетических карт сайтов
функционального метилирования R(5mC)GY.

ДОСТИГНУТЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ

Блок-схема
алгоритма анализа
данных
РАБОТЫ, ПРОВЕДЕННЫЕ В ОТЧЕТНОМ ПЕРИОДЕ
И ДОСТИГНУТЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ
Разработан формат структурированной базы
данных для хранения накопленной полезной
информации эпигенетического секвенирования.
 Разработана технология картирования сайтов
метилирования de novo R(5mC)GY в геноме
человека.
 Определены эпигенетические карт сайтов
функционального метилирования в препаратах ДНК
из клеточных линий человека (L-68, U-937, Raji).

ДОСТИГНУТЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ

L-68

Raji

U-937
ВЫВОДЫ
В результате выполнения проекта будет
получена технология составления
эпигенетических карт человека.
 Эпигенетическое картирование различных
тканей в норме и при патологиях позволит
создать стандартные диагностические карты, по
которым можно будет проводить диагностику и
превентивное лечение заболеваний на ранних
стадиях, в том числе особо опасных инфекций,
болезней сердечнососудистой системы и
онкозаболеваний.
