Материалы к занятию 14

Материалы к занятию 14
Подсказки
К упр. №1.
Откройте главную страницу Swiss-Prot: (http://www.expasy.org/sprot ).
Наверху страницы появится поле для введения запроса для поиска по БД Swiss-Prot/Trembl.
К упр. №2.
Вы получите документ в виде, приятном для пользователя - «NiceProt View of Swiss-Prot:…».
Но для выполнения этого задания надо открыть в новом окне Internet Explorer’a страничку
View entry in raw text format (no links).
К упр. №3.
В режиме NiceProt View of Swiss-Prot найдите гиперссылку «АС in FASTA format», где АС аccession number Вашего белка. Текстовой файл сохраните под именем ID.txt, где ID – имя Вашего
документа.
К упр. №4.
Откройте страничку для поиска по базе данных UniProt:
http://www.ebi.ac.uk/uniprot/database/knowledgebase.html
Поиск ведите по полям “Description” и “Taxonomy”. Во второй таблице файла table.doc. укажите
число найденных документов.
Содержание полей и их метки см. на след. стр.
Содержание полей и их метки
Code
Content
Description
ID
Identification
Уникальный идентификатор последовательности,
Contains identifying information and
часто содержащий биологически осмысленную
characteristics of the sequence
информацию, меняется от выпуска к выпуску БД
AC
Accession number(s)
Release-to-release stable identifiers
DT
Date
When the entry was created, or when Дата создания записи и последней модификации
the sequence or annotation was
modified
DE
Description
The name of the protein, often a
function indicator
GN
Gene name(s)
The gene(s) that code for the protein Имя гена (-ов), кодирующего белок
OS
Organism species
The organism from which the
sequence is derived
Организм, в котором найден белок
OG
Organelle
If the sequence is non-chromosomal
in origin
Если ген белка не находится в хромосоме
OC
Organism classification
The taxonomic class to which the
organism belongs
Полный таксономический адрес организма
OX
Taxonomy cross-reference(s) The NCBI TaxID for the OC line
RN
Reference number
The sequential number of the
literature citation within the entry
RP
Reference position
The type of data, and the position in Тип информации в данной ссылке и фрагмент
the sequence to which the citation
последовательности, к которому она относится.
refers
RC
Reference comment(s)
Comments relevant to the reference
cited
Комментарии к цитируемой работе
RX
Bibliographic cross-reference, such
Библиографические перекрестные ссылки,
например, идентификатор PubMed
RA
RT
Reference cross-reference(s) as PubMed ID
Authors of the citation
Reference authors
Title of the citation
Reference title
RL
Reference location
Source of the citation, such as
journal, book, or unpublished data
Журнал, книга или устное сообщение
CC
Comments or notes
Free text notes about the protein
Комментарии
DR
Database cross-references
Pointers to sources or related
information for the entry
Гиперссылки на соответствующие записи
других БД
KW
Keywords
Indexable indicator of function,
structure, or other information
Ключевые слова ( индексируемый
предметный указатель)
FT
Feature table data
Annotation of specific residues of
the sequence
SQ
Sequence header
Marks the beginning of the sequence
and provides summary data
Метка начала последовательности и некоторых ее
общих свойств
The sequence itself
Аминокислотная последовательность
(blanks) Sequence data
//
Termination line
Уникальный идентификатор последовательности,
не меняющийся от выпуска к выпуску БД
Название белка, часто указывающее на его
функцию
Идентификатор таксона
Номер ссылки на научную публикацию
Авторы публикации
Название статьи
Описание особых позиций в последовательности,
особенности последовательности
Дополнительно:
1. В поле комментариев указывается тема комментария
The format of a comment block is:
CC -!- TOPIC: First line of a comment block;
CC second and subsequent lines of a comment block.
2. В поле «Особенности последовательности» указывается тип свойства (Key name):
FT
Key name
'From' endpoint
'To' endpoint