Биология - ЛММБ Ильичев (Тикунова)

Профессору кафедры молекулярной биологии
ФЕН НГУ Мызиной Светлане Дмитриевне
от зав. ЛММБ ИХБФМ СО РАН
Тикуновой Нины Викторовны
ЗАЯВКА
на студента-биолога 3-го курса ФЕН НГУ Ильичева Ивана Михайловича
Студент 3-го курса Ильичев И. начала работать в лаборатории молекулярной
микробиологии ИХБФМ СО РАН в августе 2015 г. Предполагаемая тема его дипломной
работы: «Эпитопное картирование белка р35 ортопоксвирусов с использованием
полноразмерных вируснейтрализующих антител человека».
Ранее в нашей лаборатории были сконструированы полноразмерные антитела
человека, способные нейтрализовать инфекционность ортопоксвирусов in vitro, и было
показано, что мишенью ряда антител является белок р35 ортопоксвирусов.
Цель
работы
определение
эпитопа,
отвечающего
за
индукцию
вируснетрализующих антител в организме человека.
Для выполнения поставленной цели необходимо будет решить следующие задачи:
- провести анализ имеющихся литературных данных об использовании технологии
фагового дисплея для картирования эпитопов;
- провести 2-3 раунда биопэннинга с использованием двух пептидных фаговых библиотек
и полноразмерного антитела человека;
- из обогащенных библиотек отобрать бактериофаги, экспонирующие на своей
поверхности пептиды, способные эффективно связывать полноразмерное антитело,
использованное для пэннинга;
- секвенировать фрагменты ДНК, кодирующие пептиды, экспонированные на поверхности
отобранных фагов, проанализировать выведенные аминокислотные последовательности;
- синтезировать соответствующие пептиды, иммунизировать лабораторных животных;
оценить
способность
отобранных
пептидов
индуцировать
наработку
вируснейтрализующих антител.
В ходе работы будут освоены следующие методы:
- методы фагового дисплея (биопэннинг, аффинная селекция);
- методы выделения нуклеиновых кислот бактериофагов, ПЦР, секвенирование;
- методы ИФА и вестерн-блот анализа;
- микробиологические методы культивирования бактерий и бактериофагов и методы
очистки препаратов бактериофагов;
- методы очистки белковых и их подготовки для проведения электрофореза, анализ
полученных данных;
- методы компьютерной обработки данных секвенирования с использованием
соответствующего программного обеспечения и баз данных .
Иван Михайлович работает в лаборатории молекулярной микробиологии ИХБФМ СО
РАН уже несколько месяцев, он освоил ряд методик и включен в состав исполнителей
проекта РНФ 16-14-00083.
Зав. ЛММБ ИХБФМ
(руководитель)
Тикунова Н.В.
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, пр.Лаврентьева 8,
к.335, тел. 363-51-57, E-mail: tikunova@niboch.nsc.ru